Att upptäcka cancer i ett tidigt stadium minskar inte alltid en kvinnas risk för att dö i bröstcancer. Mammografi kan upptäcka elakartade tumörer som inte känns, men att behandla en liten tumör betyder inte alltid att kvinnan inte kommer att dö i cancer. En snabbt växande eller aggressiv cancertumör kan redan ha hunnit sprida sig till andra delar av kroppen innan den upptäcks. Screening kanske inte bidrar till att förlänga livet för kvinnor med sådana tumörer, men däremot kommer kvinnor med sådana tumörer att leva en längre tid med vetskapen om att de kan ha en dödlig sjukdom. Dessutom bidrar kanske mammogrammen från screeningen inte till att förlänga livet för kvinnor som lider av andra allvarligare hälsotillstånd.

Röntgenstrålar har en potential att orsaka cancer. Mammogram kräver små strålningsdoser, och därför innebär denna exponering för strålning en låg risk. Fördelarna med mammografi som utförs inom organiserade screeningprogram väger tyngre än den potentiella skada som exponeringen för strålning kan orsaka.

Falskt positiva resultat är när röntgenläkare hittar avvikande detaljer på ett mammogram, trots att egentligen inte finns någon cancertumör. Alla avvikande mammogram bör följas upp med ytterligare tester (diagnostisk mammografi, ultraljud och/eller vävnadsprov) för att avgöra om det rör sig om cancer. Falskt positiva resultat i samband med mammogram kan leda till oro och andra former av psykiskt obehag, som vanligtvis inte håller i sig. De ytterligare tester som krävs för att utesluta cancer kan också vara tidskrävande och orsaka psykiskt obehag. Europeiska kvalitetsstandarder har tagits fram för att minimera väntetiderna och minska den relaterade oron.

Under en 20-årsperiod kommer ungefär 1 av 5 kvinnor som regelbundet deltar i screening att få ett falskt positivt resultat som kan klargöras utan invasiva ingrepp. Under samma period kommer ungefär 1 av 10 kvinnor att behöva genomgå ett invasivt ingrepp (ett litet bröstvävnadsprov tas med hjälp av en nål) utan operation, och upp till 1 av 100 kvinnor kommer att genomgå en operation för att kontrollera resultaten från mammografin.

En annan risk är att bröstcancer kan upptäckas vid screening som varken du eller din läkare någonsin hade upptäckt om du inte hade deltagit i screeningen. Det här kallas för överdiagnostisering. Tyvärr är det inte möjligt att särskilja vilka av de cancertumörer som upptäcks vid screening som är överdiagnostiserade. Av de cancertumörer som upptäcks vid screening uppskattas i genomsnitt 5–10 av 100 vara överdiagnostiserade. Risken är lägre för yngre kvinnor och högre för äldre kvinnor.