Aan de uitvoering van de screeningtest of van andere bijkomende tests om duidelijkheid te scheppen over de abnormale screeningtestresultaten, en aan de behandeling van letsels die via de screening zijn vastgesteld, kunnen nadelen of risico's zijn verbonden.

Screening via de fecaal occult bloedtest (FOBT) en de fecaal immunochemische test (FIT) is pijnloos en veilig. De FOBT of FIT kunnen echter bloed in uw stoelgang detecteren dat niets met darmkanker of poliepen te maken heeft. Als in uw stoelgang bloed wordt gevonden, zal u worden voorgesteld om verdere tests met behulp van colonoscopie te ondergaan (zie "Vervolgcolonoscopie" hieronder). Mensen die voor verdere tests worden doorverwezen ten gevolge van abnormale screeningresultaten, ervaren soms angst, maar dit is gewoonlijk niet van lange duur.

Veel patiënten ervaren minstens enige mate van ongemak of pijn bij een flexibele sigmoïdoscopie, maar minder dan bij een colonoscopie. Geringe complicaties (misselijkheid, zich zwak of duizelig voelen of buikpijn) komen minder dan één keer per 150 flexibele sigmoïdoscopieën voor. Ernstige complicaties, waaronder groot bloedverlies of een scheur in de darmwand, komen ongeveer één keer per 3 000 flexibele sigmoïdoscopieën voor. Felle pijn onmiddellijk na het onderzoek komt voor bij ongeveer één op vijftig patiënten.

Net als bij screening via de guajak-FOBT of de FIT is bij een abnormaal screeningresultaat verder onderzoek met behulp van een colonoscopie noodzakelijk (zie "Vervolgcolonoscopie" hieronder).

Veel patiënten ervaren minstens enige mate van ongemak of pijn bij een colonoscopie. De darmvoorbereiding met een laxeermiddel (m.a.w. de voorbereiding die nodig is voor u een colonoscopie kunt ondergaan) wordt gewoonlijk als het ergste deel van de procedure ervaren. Screening via een colonoscopie maakt het overbodig om een ander onderzoek te ondergaan in veel gevallen waarin poliepen of kleine kankergezwellen worden aangetroffen omdat met een colonoscopie ook het bovenste deel van de darm wordt onderzocht. In de Europese Unie is melding gemaakt van ernstige complicaties bij ongeveer één tot vijf op duizend onderzoeken. Er is een grotere kans op complicaties bij colonoscopieën waarbij poliepen worden gevonden en verwijderd. In extreem zeldzame gevallen kan een colonoscopie tot een overlijden leiden. 

Vervolgcolonoscopie is een colonoscopie die wordt uitgevoerd als vervolgonderzoek na een guajak-FOBT of FIT met een abnormaal resultaat of om het bovenste deel van de darm te onderzoeken bij mensen bij wie de screening via sigmoïdoscopie abnormale resultaten heeft opgeleverd. Ze gaat gepaard met een iets groter risico op complicaties dan een screeningcolonoscopie omdat de kans groter is dat er poliepen of kankergezwellen worden aangetroffen en verwijderd. Veel van de poliepen die tijdens een screening worden verwijderd, zouden tijdens het leven van de betrokkenen niet tot kanker zijn geëvolueerd, maar het is onmogelijk te voorspellen welke poliepen tot kankergezwellen zullen evolueren. In Europa zijn ernstige complicaties gemeld bij ongeveer 1 op 200 vervolgcolonoscopieën. Er is een groter risico op complicaties bij een chirurgische ingreep als de poliep of het kankergezwel niet via een colonoscopie kan worden verwijderd. In extreem zeldzame gevallen (1 op 10 000 onderzoeken) kan een colonoscopie de dood tot gevolg hebben, maar het aantal sterfgevallen ten gevolge van darmkanker dat door screening kan worden voorkomen, is veel hoger.