Z vykonania skríningového testu alebo ďalších testov potrebných na objasnenie abnormálnych výsledkov skríningového testu, ako aj z liečby lézií zistených počas skríningu, môžu vyplývať isté ujmy či riziká.

Skríningový test stolice na okultné krvácanie a imunochemický test stolice sú bezbolestné a bezpečné. V rámci týchto testov však môže byť zistená krv v stolici, ktorá nesúvisí s rakovinou ani polypmi. Ak je v stolici zistená krv, budú vám ponúknuté ďalšie testy pomocou kolonoskopie (pozri ďalej v texte odsek s názvom Následná kolonoskopia). Ľudia poslaní na ďalšie testovanie z dôvodu abnormálnych výsledkov skríningového testu niekedy pociťujú duševnú nepohodu, to však zvyčajne netrvá dlho.

Mnohí pacienti pociťujú aspoň určitý stupeň nepohodlia alebo bolesti pri flexibilnej sigmoidoskopii, ale menej ako v prípade kolonoskopie. V prípade menej ako 1 sigmoidoskopie z každých 150 flexibilných sigmoidoskopií sa vyskytnú menšie komplikácie (nevoľnosť, pocit slabosti či závratu alebo bolesti brucha). Väčšie komplikácie vrátane silného krvácania alebo roztrhnutia steny hrubého čreva sa vyskytnú približne u 1 z 3 000 flexibilných sigmoidoskopií. Silná bolesť bezprostredne po vyšetrení sa vyskytuje približne u 1 pacienta z 50.

Ako v prípade skríningu s použitím guajakového testu stolice na okultné krvácanie alebo imunochemického testu stolice je v prípade abnormálnych výsledkov skríningového vyšetrenia potrebné ďalšie testovanie kolonoskopiou (pozri ďalej v texte odsek s názvom Následná kolonoskopia).

Mnohí pacienti pociťujú pri kolonoskopii aspoň určitý stupeň nepohodlia alebo bolesti. Laxatívna príprava čreva (t. j. príprava potrebná pred účasťou na kolonoskopii) sa všeobecne považuje za najnepríjemnejšiu časť postupu. V mnohých prípadoch, keď sa zistia polypy alebo malé rakovinové nádory okrem nie je okrem skríningovej kolonoskopie potrebné žiadne ďalšie vyšetrenie, pretože súčasťou kolonoskopie je aj vyšetrenie hornej časti hrubého čreva. V rámci Európskej únie sa väčšie komplikácie zaznamenali pri približne 1 až 5 vyšetreniach z 1 000. Komplikácie sú pravdepodobnejšie v prípade kolonoskopií, pri ktorých sa zistia a odstránia polypy. V mimoriadne zriedkavých prípadoch môže v dôsledku kolonoskopie dôjsť k smrti pacienta.

Následná kolonoskopia je kolonoskopia vykonaná v nadväznosti na abnormálny výsledok guajakového alebo imunochemického testu alebo na kontrolu hornej časti hrubého čreva ľudí s abnormálnymi výsledkami skríningu sigmoidoskopiou. Zahŕňa o niečo vyššie riziko komplikácií ako skríningová kolonoskopia z dôvodu vyššej pravdepodobnosti odhalenia a odstránenia polypov. Mnohé polypy odstránené počas skríningu by sa počas života nezmenili na rakovinu, ale nie je možné predpovedať, ktoré polypy sa vyvinú na rakovinu. Väčšie komplikácie boli v Európe udané u približne 1 následnej kolonoskopie z 200. Riziko komplikácie chirurgického zákroku je vyššie, ak polyp alebo rakovinu nemožno odstrániť v rámci kolonoskopie. V mimoriadne zriedkavých prípadoch (1 z 1 000 vyšetrení) môže kolonoskopia spôsobiť smrť, ale počet úmrtí na rakovinu hrubého čreva, ktorým bolo zabránené vďaka skríningu, je omnoho väčší.