Wykonanie dodatkowych badań służących potwierdzeniu wystąpienia nieprawidłowości wykrytych w trakcie badania przesiewowego, a także leczenie zmian patologicznych wykrytych w trakcie badań przesiewowych może okazać się szkodliwe lub wiązać się z ryzykiem wystąpienia bólu, krwawienia i zakażenia. Mniej więcej 1 na 5 lub 6 kobiet, które przeszły dodatkowe badania bez poddawania się leczeniu, zgłosiła ból lub krwawienie lub wystąpienie upławów w ciągu 6 tygodni od przeprowadzenia badań. Leczenie może stanowić źródło niepokoju, a w niektórych rzadkich przypadkach może również doprowadzić do przedwczesnego urodzenia dziecka o niskiej masie urodzeniowej. Choć nie wszystkie przedrakowe zmiany patologiczne wykrywane w trakcie badania przesiewowego faktycznie przekształciłyby się w raka w przypadku braku leczenia, obecnie nie można stwierdzić, które zmiany patologiczne wyleczyłyby się samoistnie, a które przekształciłyby się w raka – dlatego też zaleca się leczenie wszystkich tego rodzaju zmian patologicznych.

Ryzyko hiperdiagnozy i zbędnego leczenia przedrakowych zmian patologicznych można ograniczyć biorąc udział wyłącznie w badaniu przeprowadzanym w ramach zorganizowanego programu badania przesiewowego, tj. po otrzymaniu zaproszenia do udziału w programie. Zaleca się, aby nie brać udziału w badaniu przesiewowym w kierunku raka szyjki macicy przed ukończeniem 25. roku życia, ale w przypadku zaobserwowania jakichkolwiek niepokojących objawów, takich jak nietypowe krwawienie z pochwy u kobiet w dowolnym wieku, należy zasięgnąć opinii lekarza.

W ramach badania przesiewowego w kierunku raka szyjki macicy wykonywanego poza zorganizowanym programem nie zaleca się wykonywania badania w kierunku wirusa brodawczaka ludzkiego (HPV), ponieważ zakażenie tym wirusem często nie wymaga leczenia, w szczególności w przypadku kobiet, które jeszcze nie ukończyły 30–35 roku życia. Dlatego też nie zaleca się przeprowadzania tego badania u młodszych kobiet.