В резултат на допълнителните прегледи, които са необходими за обясняване на необичайните резултати от скрининговия тест, и на лечението на откритите при скрининга лезии е възможно да се причини увреждане или да има рискове, като например болка, кървене и инфекция. Приблизително 1 от всеки 5 или 6 жени, преминали през допълнителни прегледи без лечение, съобщават за болка или кървене или неволева дефекция в рамките на 6 седмици. Лечението може да породи и безпокойство, а в редки случаи и преждевременно раждане, при което новороденото е с ниско тегло. Не всички предракови лезии, които са открити по време на скрининг, ще се развият в рак, ако не бъдат лекувани, но тъй като не е възможно да се предположи кои лезии ще се излекуват спонтанно и кои ще се развият в рак, се препоръчва да се лекуват всички лезии.

Възможно е да намалите риска от хипердиагноза или хиперлечение на предраковите лезии, като участвате единствено в тестване в рамките на организирани скринингови програми, т.е. когато получите покана по програмата. Препоръчва се да не се подлагате на скрининг за рак на маточната шийка преди да навършите 25 години, но ако забележите някакви симптоми, които пораждат безпокойство, като например необичайно вагинално кървене, независимо от възрастта на която сте, следва да се консултирате с вашия лекар.

Не се препоръчва тестът за човешки папиломавирус (HPV) да се използва за скрининг за рак на маточната шийка извън рамките на организирана програма, тъй като инфекцията често отминава без лечение, особено при жени, по-млади от 30—35 години. Поради това при по-млади жени използването на този тест не се препоръчва.