Wiele osób zakażonych wirusem zapalenia wątroby typu C (około 75 osób na każde 100 osób zakażonych) choruje na przewlekłe zapalenie wątroby. Schorzenie to powoduje raka wątroby w 1 na każde 5 przypadków (u około 15 osób na każde 100 osób zakażonych). W przeciwieństwie do wirusa zapalenia wątroby typu B ryzyko przewlekłego zakażenia wirusem zapalenie wątroby typu C nie wzrasta w przypadku zakażenia u osoby dorosłej. W przypadku zachorowania na przewlekłe wirusowe zapalenie wątroby typu C ryzyko zachorowania na raka wątroby wzrasta, jeżeli dana osoba pije alkohol, pali papierosy i jeżeli dojdzie do jednoczesnego zakażenia wirusem zapalenia wątroby typu B.