Kahjulikkus või ohud võivad tuleneda otseselt sõeluuringust või lisauuringutest, mida on vaja sõeluuringu normist kõrvalekalduvate tulemuste selgitamiseks, ning sõeluuringuga kindlaks tehtud kahjustuste ravist.

Mõlemad peitveretestid on valutud ja ohutud. Ent nendega võib roojast tuvastada ka verd, mis ei ole seotud ei soolevähi ega polüüpidega. Kui roojast leitakse verd, pakutakse lisauuringuks kolonoskoopiat (vt edaspidi "Kolonoskoopiline järeluuring"). Need, keda suunatakse järeluuringutele normist kõrvalekalduvate sõeluuringu tulemuste tõttu, kogevad vahel ärevust, kuid üldiselt ei ole see pikaajaline.

Paljud patsiendid tunnevad vähemalt mõningast ebamugavustunnet või valu sigmoidoskoopia ajal, kuid vähem kui kolonoskoopia korral. Väiksemad tüsistused (iiveldus, minestamis- või peapööritustunne või kõhuvalu) avalduvad vähem kui 1 juhul 150st sigmoidoskoopiast. Rasked tüsistused, sh tugev verejooks või sooleseina läbistav vigastus, tekivad sigmoidoskoopia puhul 1 juhul 3000st. Vahetult pärast uuringut tekib 1 patsiendil 50st tugev valu.

Kui sõeluuringuks kasutatakse peitveretesti (guajakimeetodil põhinevat või immunokeemilist testi), tuleb normist kõrvalekalduvat tulemust täiendavalt uurida kolonoskoopiaga (vt edaspidi "Kolonoskoopiline järeluuring").

Paljud patsiendid tunnevad vähemalt mõningast ebamugavustunnet või valu kolonoskoopia ajal. Soolepuhastus kõhulahtistiga (st kolonoskoopiale eelnev vajalik uuringuks ettevalmistus) on üldiselt kõige halvemini talutav uuringu osa. Kolonoskoopilise sõeluuringuga välditakse sageli polüüpide või väikeste vähkkasvajate leidmisel lisauuringute vajadust, sest uuring haarab ka jämesoole ülaosa. Euroopa Liidus on rasketest tüsistustest teatatud ligikaudu 1–5 juhul 1000 uuringu kohta. Tüsistused tekivad tõenäosemalt kolonoskoopiate käigus juhul, kui leitakse ja eemaldatakse polüüpe. Üliharvadel juhtudel võib kolonoskoopia põhjustada surma.  

Kolonoskoopiline järeluuring on kolonoskoopia, mida kasutatakse järeluuringuks peitveretesti (guajakimeetodil põhineva või immunokeemiline testi) või sigmoidoskoopia normist kõrvalekalduva sõeluuringu tulemuse korral jämesoole ülaosa kontrolliks. Järeluuringuga kaasneb mõnevõrra suurem tüsistuste risk kui kolonoskoopilise sõeluuringuga, sest polüüpide leidmise ja eemaldamise tõenäosus on suurem. Paljud sõeluuringu ajal eemaldatud polüüpidest ei areneks isiku elu jooksul vähkkasvajaks, kuid ei ole võimalik prognoosida, milline polüüpidest areneb vähiks. Euroopas on rasketest tüsistustest teatatud ligikaudu 1 juhul 200 kolonoskoopilise järeluuringu kohta. Kui polüüpi või vähkkasvajat ei ole võimalik uuringul eemaldada, on kirurgilise sekkumise tüsistuste risk suurem kui kolonoskoopial. Üliharvadel juhtudel (1 juhul 10 000 uuringust) võib kolonoskoopia põhjustada surma, kuid sõeluuringuga ennetatud soolevähkidest tingitud surmade arv on palju suurem.