Pri presejalnih programih si je treba posebej prizadevati za kakovost storitev, saj bodo bolezen ali predrakave spremembe, ki lahko povzročijo raka, imeli le nekateri od ljudi, ki se udeležijo takega programa. Številni od teh ljudi bodo imeli od takega programa koristi zato, ker je lahko zdravljenje, ki se začne pred pojavom simptomov, učinkovitejše in povzroča manj stranskih učinkov. Vseeno pa se bodo odkrile nekatere vrste raka, ki jih kljub najboljšemu zdravljenju ni mogoče ozdraviti, ter odkrili in zdravili nekateri primeri, ki jih brez presejanja morda ne bi našli (prediagnosticiranje). Poleg tega tudi varni testi, ki se priporočajo za presejanje, niso povsem brez tveganja. Večina ljudi z nenormalnimi izvidi testa bo morala na primer opraviti dodatno testiranje, da se ugotovi, ali so rak ali predrakave spremembe dejansko prisotni. Dodatno testiranje lahko povzroči zaskrbljenost, pri nekaterih ljudeh bo morda potreben tudi odvzem tkiva, pri čemer je kot pri vsakem zdravstvenem posegu prisotno tveganje.
Zdravnikom, ki imajo več izkušenj z naprednejšimi stadiji raka, je morda težje zdraviti zgodnjega raka, odkritega med presejanjem. Za to so morda potrebni posebno usposabljanje ter znanja in spretnosti. Čeprav je povprečno tveganje udeležbe v presejalnem programu za vsakega posameznika majhno, je treba k temu prišteti splošno tveganje in stroške za družbo zaradi velikega števila vključenih oseb.
Da bi se s presejanjem dosegla največja korist z najmanj škode za vse, morajo biti storitve najboljše možne kakovosti. K doseganju te visoke kakovosti programov pripomorejo smernice in podrobni protokoli, standardi in priporočila v Evropskih smernicah za zagotavljanje kakovosti pri presejalnih pregledih za odkrivanje raka, ki jih je objavila Evropska komisija. Organizirani presejalni programi ponujajo najboljše pogoje za upoštevanje evropskih smernic za zagotavljanje kakovosti. Z učinkovitim zagotavljanjem kakovosti ostane sprejemljivo ravnotežje med tveganjem in doseženimi koristmi presejalnih programov za odkrivanje raka.