Aan de bijkomende onderzoeken om duidelijkheid te scheppen over de abnormale screeningtestresultaten, en aan de behandeling van de letsels die via de screening zijn vastgesteld, kunnen nadelen of risico's zoals pijn, bloeding en infectie verbonden zijn. Ongeveer één op vijf of zes vrouwen die bijkomende onderzoeken zonder behandeling ondergaan, maakt melding van pijn of bloeding of afscheiding binnen een periode van zes weken. Behandeling kan ook angst veroorzaken en in zeldzame omstandigheden ook premature geboorte met een laag geboortegewicht. Niet alle precarcinomateuze letsels die bij de screening worden ontdekt, zouden zich zonder behandeling tot kanker hebben ontwikkeld, maar aangezien het onmogelijk te voorspellen is welke letsels spontaan zullen genezen en welke tot kanker zullen evolueren, is het verkieslijk om al dergelijke letsels te behandelen.

U kunt uw risico op overdiagnose en overbehandeling van precarcinomateuze letsels minimaliseren door alleen aan tests in het kader van een georganiseerd screeningprogramma deel te nemen, m.a.w. wanneer u een uitnodiging van het programma ontvangt. Er wordt aanbevolen dat u zich niet op baarmoederhalskanker laten screenen voordat u 25 jaar oud bent, maar als u symptomen vaststelt die u zorgen baren zoals ongewoon vaginaal bloedverlies op welke leeftijd ook, moet u uw dokter raadplegen.

Het wordt afgeraden om de HPV-test (humaan papillomavirus) te gebruiken voor baarmoederhalskankerscreening buiten een georganiseerd programma omdat de infectie vaak zonder behandeling verdwijnt, vooral bij vrouwen jonger dan 30-35 jaar. Dat is de reden waarom het gebruik van deze test bij jongere vrouwen niet wordt aanbevolen.