Nevarnosti ali tveganja so lahko posledica izvedbe presejalnega testa ali dodatnih preiskav, potrebnih za razjasnitev nenormalnih izidov presejalnega testa, ter zdravljenja lezij, odkritih pri presejanju.

Presejalna testa, tj. test gvajak in imunokemični test, sta neboleča in varna. Vendar se lahko s tema testoma odkrije kri v vašem blatu, ki ni poveza z rakom ali polipi. V primeru odkritja krvi v blatu boste povabljeni na dodatne teste s kolonoskopijo (glej „Kolonoskopija kot nadaljevalna preiskava“ v nadaljevanju). Ljudje, napoteni na nadaljnje testiranje zaradi nenormalnih izvidov presejalnega testa, včasih občutijo zaskrbljenost, ki pa običajno ni dolgotrajna.

Fleksibilna sigmoidoskopija je za številne paciente nekoliko neprijetna ali boleča, vendar manj kot kolonoskopija. Manjši zapleti (vrtoglavica, omedlevica ali omotičnost ali bolečine v trebuhu) se pojavijo pri 1 na vsakih 150 fleksibilnih sigmoidoskopij. Večji zapleti, tudi močna krvavitev ali raztrganina skozi črevesno steno, se pojavijo pri približno 1 na 3 000 fleksibilnih sigmoidoskopij. Močna bolečina takoj po preiskavi se pojavi pri približno 1 od 50 pacientov.

Tudi po tej preiskavi je treba pri nenormalnih izvidih presejanja tako kot pri presejanju s testom gvajak ali imunokemičnim testom opraviti nadaljnje testiranje s kolonoskopijo (glej „kolonoskopija kot nadaljevalna preiskava“ v nadaljevanju).

Številni pacienti med preiskavo občutijo vsaj določeno stopnjo neugodja ali bolečine. Odvajalno sredstvo (tj. preparat, potreben pred opravljanjem kolonoskopije) se na splošno občuti kot najbolj neprijeten del postopka. Zaradi presejalne kolonoskopije v številnih primerih, v katerih so bili odkriti polipi ali majhni tumorji, ni treba opraviti drugih preiskav, saj se pri tem pregleda tudi zgornji del črevesa. V Evropski uniji se je o večjih zapletih poročalo pri približno 1 do 5 na 1 000 preiskav. Zapleti so pogostejši pri kolonoskopijah, pri katerih se odkrijejo in odstranijo polipi. V izjemno redkih primerih lahko kolonoskopija povzroči smrt.  

Kolonoskopija kot nadaljevalna preiskava je kolonoskopija, ki se opravi po nenormalnih izvidih testa gvajak ali imunokemičnega testa ali za pregled zgornje polovice črevesa pri ljudeh, pri katerih so bili izvidi presejalnega pregleda s sigmoidoskopijo nenormalni. Pri njej so tveganja zapletov nekoliko večja kot pri presejalni kolonoskopiji, ker obstaja več verjetnosti, da se bodo odkrili in odstranili polipi ali tumorji. Mnogi izmed polipov, odstranjeni med presejanjem, za časa življenja osebe ne bi napredovali v raka, vendar ni mogoče napovedati, kateri pa bi. V Evropi se je o večjih zapletih poročalo pri približno 1 na 200 kolonoskopij kot nadaljevalnih preiskav. Še večje tveganje zapletov pa se pojavlja pri operacijah, če polipa ali raka ni mogoče odstraniti s kolonoskopijo. Kolonoskopija lahko povzroči smrt v izjemno redkih primerih (pri 1 na 10 000 preiskav), število smrti, ki jih presejalni pregledi za odkrivanje raka debelega črevesa in danke preprečijo, pa je veliko višje.