Zistením rakoviny v ranom štádiu sa nie vždy podarí znížiť riziko úmrtia ženy na rakovinu prsníka. Aj keď pomocou mamografie možno zistiť malígne nádory, ktoré nemožno nahmatať, liečba malého tumoru vždy neznamená, že žena nezomrie na rakovinu. Rýchlo rastúca alebo agresívna rakovina sa už mohla rozšíriť do iných častí tela predtým, ako bola odhalená. Skríning nemusí pomôcť predĺžiť život žien s takýmito tumormi. Ženy s takýmto nádorovým ochorením však budú žiť dlhšie s vedomím možnej smrteľnej choroby. Skríningová mamografia navyše nemusí pomôcť predĺžiť život ženy, ktorá trpí iným, vážnejším zdravotným problémom.

Röntgenové lúče môžu potenciálne spôsobovať rakovinu. Mamografia si vyžaduje nízke dávky žiarenia, takže riziko ujmy z vystavenia tomuto žiareniu je malé. Prínosy mamografického skríningu v rámci organizovaných programov prevažujú nad možnými nevýhodami vystavenia žiareniu.

K falošne pozitívnemu výsledku dochádza vtedy, keď rádiológ zistí mamografický abnormálny úkaz, aj keď rakovina nie je v skutočnosti prítomná. Po každom prípade abnormálneho výsledku zisteného mamografiou by malo nasledovať ďalšie testovanie (diagnostická mamografia, ultrazvuk a/alebo biopsia) na určenie prítomnosti rakoviny. Falošne pozitívne výsledky mamografie môžu viesť k duševnej nepohode a iným psychologickým ťažkostiam, ktoré zvyčajne netrvajú dlho. Ďalšie testovanie potrebné na vylúčenie rakoviny môže byť aj časovo náročné a spôsobovať fyzické nepohodlie. Cieľom európskych noriem kvality je minimalizovať čakacie lehoty a obmedziť súvisiacu duševnú nepohodu.

Počas 20 rokov má približne 1 z 5 žien, ktoré sa pravidelne zúčastňujú na skríningu, falošne pozitívny výsledok, ktorý možno objasniť bez invazívnych zákrokov. Za rovnaké obdobie je u približne 1 z 10 žien potrebný invazívny zákrok bez operácie (s použitím ihly na odobratie malých vzoriek tkaniva prsníka) a približne 1 zo 100 žien podstúpi operáciu na overenie výsledku mamografie.

Treba spomenúť aj to, že v rámci skríningu možno zistiť rakovinu prsníka, ktorú by ste vy ani váš lekár nikdy neodhalili, ak by ste nešli na skríning – ide o tzv. overdiagnózu (teda zbytočné diagnózy). Žiaľ, nie je možné rozlíšiť, v ktorom prípade rakoviny zistenej počas skríningu došlo k uvedenej overdiagnóze. Odhaduje sa, že v prípade približne 5 – 10 zo 100 výskytov rakoviny zistenej na skríningu išlo o overdiagnózu. Riziko je nižšie v prípade mladších žien a vyššie v prípade starších žien.