Újma nebo riziko jsou spojeny s prováděním screeningového vyšetření či s dalšími vyšetřeními potřebnými k objasnění abnormálních výsledků screeningového vyšetření a s léčbou lézí odhalených při screeningu.

Screeningový test okultního krvácení ve stolici (TOKS) a imunochemický test (FIT) jsou bezbolestné a bezpečné. TOKS nebo FIT však může odhalit krev ve stolici, která nesouvisí s rakovinou tlustého střeva a konečníku ani s polypy. Při zjištění krve ve stolici vám nabídnou další vyšetření pomocí kolonoskopie (viz „Kontrolní kolonoskopie“ níže). Osoby, které byly vzhledem k abnormálním výsledkům screeningového vyšetření poslány k dalšímu vyšetření, někdy pociťují úzkost, ale to obvykle netrvá dlouho.

Mnoho pacientů má při flexibilní sigmoideoskopii alespoň do určité míry nepříjemné pocity nebo bolesti, ale je jich méně než při kolonoskopii. Drobné komplikace (nevolnost, slabost, závratě nebo bolesti břicha) se vyskytují u méně než 1 flexibilní sigmoideoskopie ze 150. Vážné komplikace, včetně silného krvácení nebo protržení stěny tlustého střeva, se vyskytnou asi u 1 flexibilní sigmoideoskopie z 3 000. Asi u každého 50. pacienta se bezprostředně po vyšetření vyskytne silná bolest.

Podobně jako u screeningu pomocí guajakového testu TOKS nebo testu FIT je při abnormálních výsledcích tohoto screeningového vyšetření zapotřebí další vyšetření pomocí kolonoskopie (viz „Kontrolní kolonoskopie“ níže).

Mnoho pacientů má při kolonoskopii alespoň do určité míry nepříjemné pocity nebo bolesti. Za nejhorší část zákroku se obvykle považuje vyprázdnění střeva v rámci přípravy (tj. přípravy nutné před vyšetřením). Screeningová kolonoskopie v mnoha případech, kdy se odhalí polypy nebo malé nádory, nevyžaduje další vyšetření, protože se při ní prohlédne také horní polovina tlustého střeva. V Evropské unii byly zaznamenány vážné komplikace asi u 1 až 5 z 1 000 vyšetření. Komplikace jsou pravděpodobnější u kolonoskopií, při kterých se zjistí a odstraňují polypy. Ve velice vzácných případech může vést kolonoskopie k úmrtí. 

Kontrolní kolonoskopie je kolonoskopie prováděná v návaznosti na abnormální výsledek guajakového testu TOKS nebo testu FIT či za účelem kontroly horní poloviny tlustého střeva u lidí s abnormálními výsledky screeningu pomocí sigmoideoskopie. U kontrolní kolonoskopie je šance objevení a odstranění polypů nebo nádorů vyšší, toto vyšetření s sebou ovšem nese poněkud vyšší riziko komplikací než screeningová kolonoskopie. Mnoho polypů odstraněných při screeningu by se během života nerozvinulo v rakovinu, ale to, které polypy se v rakovinu rozvinou, nelze předpovědět. Vážné komplikace byly v Evropě hlášeny asi u 1 z 200 kontrolních kolonoskopií. Větší riziko komplikací hrozí při chirurgickém zákroku, nelze-li polyp nebo nádor odstranit kolonoskopií. Ve velice vzácných případech (u 1 z 10 000 vyšetření) může vést kolonoskopie k úmrtí, ale počet úmrtí následkem rakoviny tlustého střeva a konečníku, kterým screening zabrání, je mnohem větší.