Konstatering af kræft i et tidligt stadig reducerer ikke altid kvindens risiko for at dø af brystkræft. Selv om mammografi kan afsløre ondartede tumorer, der ikke kan mærkes, sikrer behandlingen af en lille tumor ikke altid, at kvinden ikke vil dø af kræft. En hurtigt voksende eller aggressiv kræft kan allerede have spredt sig til andre dele af kroppen, inden den opdages. Screening hjælper ikke altid med at forlænge levetiden for kvinder med sådanne tumorer, men kvinder med sådanne tumorer vil leve længere med bevidstheden om, at de har en dødelig sygdom. Mammografi hjælper desuden ikke med at forlænge levetiden for en kvinder, der lider af andre, alvorlige sygdomme.

Røntgen kan forårsage kræft. Ved mammografi er strålingsintensiteten lav, og derfor er risikoen for skade som følge af eksponeringen for denne stråling lav. Fordelene ved mammografiscreening i organiserede programmer opvejer den potentielle skade som følge af eksponering for stråling.

Falsk-positive resultater forekommer, hvis radiologer finder en abnormitet i et mammogram, selv om kvinden faktisk ikke har kræft. Alle mammogrammer med afvigelser bør følges op af yderligere undersøgelser (diagnostisk mammografi, ultralydsundersøgelse og/eller biopsi) for at afgøre, om der er tale om kræft. Falsk-positive mammografiresultater kan give anledning til ængstelse og bekymring, som dog normalt ikke er langvarig. De yderligere undersøgelser, der skal foretages, for at udelukke kræft, kan også være tidskrævende og forårsage fysisk ubehag. Der er fastlagt europæiske kvalitetsstandarder for at minimere ventetiden og reducere den dermed forbundne ængstelse.

Over en 20-årig periode vil en ud af fem kvinder, der deltager i regelmæssig screening, modtage et falsk-positivt resultat, som kan udredes uden invasive indgreb. I den samme periode skal en ud af ti kvinder have foretaget et invasivt indgreb (udtagelse af prøver af brystvæv med nål) uden operation, og op til en ud af 100 kvinder skal have foretaget en operation for at kontrollere resultatet af mammografien.

En anden risiko er, at der ved screening findes en brystkræft, som hverken du eller din læge ville have fundet, hvis du ikke var gået til screening – dette kaldes overdiagnosticering. Det er desværre ikke muligt at afgøre, hvilke af de kræfttilfælde, der opdages ved screening, er overdiagnosticerede. I gennemsnit anslås det, at 5-10 ud af 100 kræfttilfælde, der opdages ved screening, er overdiagnosticerede. Risikoen er lavere for unge kvinder og højere for ældre kvinder.