Zjištění zhoubného nádoru v raném stadiu riziko úmrtí na rakovinu prsu nesnižuje vždy. I když mamografie dokáže odhalit i zhoubné nádory, které nelze nahmatat, nelze říci, že pokud se nádory léčí, když jsou malé, znamená to automaticky, že žena na rakovinu nezemře. Rychle rostoucí nebo agresivní zhoubný nádor se před odhalením již mohl rozšířit do dalších částí těla. Screening nemusí pomoci život žen s těmito nádory prodloužit, a tyto ženy mohou pak naopak déle žít s vědomím, že trpí smrtelným onemocněním. Kromě toho nemusí screeningové mamogramy pomoci prodloužit život ženy, která trpí jinými vážnějšími zdravotními potížemi.

Rentgenové záření může způsobit rakovinu. V případě mamogramů je zapotřebí malé dávky záření, riziko újmy v důsledku tohoto ozáření je tedy nízké. Přínosy mamografického screeningu v rámci organizovaných programů převažují nad případnou újmou způsobenou ozářením.

O falešně pozitivních výsledcích se hovoří, zjistí-li radiologové mamografickou abnormalitu, ačkoli ve skutečnosti zhoubný nádor přítomen není. Po všech abnormálních mamogramech by mělo následovat další vyšetření (diagnostická mamografie, ultrazvuk a/nebo biopsie), aby se určilo, zda jde o rakovinu. Falešně pozitivní mamografické výsledky mohou vést k úzkosti a dalším formám psychických obtíží, které obvykle netrvají dlouho. Další vyšetření nutné k vyloučení rakoviny může také být časově náročné a fyzicky nepříjemné. Minimalizovat čekací dobu a omezit související úzkost mají evropské normy kvality.

V průběhu 20 let se falešně pozitivní výsledek, který lze objasnit bez invazivních zákroků, vyskytne asi u každé 5. ženy, jež se pravidelně účastní screeningu. V tomtéž období bude asi u každé 10. ženy zapotřebí invazivní zákrok (pomocí jehly k odebrání malých vzorků prsní tkáně), avšak nikoliv operace, a asi každá 100. žena musí za účelem kontroly výsledku mamografie podstoupit operaci.

Dalším rizikem je skutečnost, že by se při screeningu mohla zjistit rakovina prsu, o jejíž existenci byste se vy ani váš lékař nikdy nedozvěděli, kdybyste na screening vůbec nešla. Bohužel nelze rozlišit, který zhoubný nádor odhalený při screeningu do této kategorie spadá. Podle odhadů se o diagnózu onemocnění, jehož zachycení je z hlediska účelnosti léčby sporné, jedná v průměru u pěti až deseti ze sta zhoubných nádorů odhalených při screeningu. Riziko je nižší u mladých a vyšší u starších žen.