Veicot skrīninga izmeklēšanu vai papildu izmeklējumus, kas nepieciešami, lai pārbaudītu anormālus skrīninga izmeklējuma rezultātus, kā arī ārstējot skrīningā konstatētas pārmaiņas, var rasties apdraudējums vai riski.
Skrīninga izmeklējumi ar testu uz slēptajām asinīm izkārnījumos (TSAI) vai fēču imūnķīmijas testu (FIT), ir nesāpīgi un droši. Taču TSAI vai FIT var konstatēt ar zarnu vēzi vai polipiem nesaistītas asinis izkārnījumos. Ja izkārnījumos tiek konstatētas asinis, Jums piedāvās veikt papildu izmeklējumus ar kolonoskopiju (sk. turpmāk "Papildu kolonoskopija"). Cilvēki, kam anormālu skrīninga rezultātu dēļ tiek parakstīta papildu izmeklēšana, reizēm piedzīvo satraukumu, taču tas parasti ir īslaicīgi.
Daudzi pacienti piedzīvo vismaz zināmu diskomfortu vai sāpes fleksiblās sigmoidoskopijas, taču ne tik ļoti kolonoskopijas gadījumā. Nelielas komplikācijas (nelabums, vājuma sajūta vai reibonis, vai vēdersāpes) rodas retāk nekā 1 no 150 fleksiblās sigmoidoskopijas gadījumu. Būtiskas komplikācijas, arī spēcīga asiņošana vai plīsums zarnu sieniņā, rodas apmēram 1 no 3000 fleksiblo sigmoidoskopiju. Spēcīgas sāpes nekavējoties pēc izmeklēšanas rodas apmēram 1 no 50 pacientiem.
Tāpat kā gvajaka TSAI vai FIT skrīninga gadījumā, anormālu skrīninga rezultātu gadījumā ir jāveic papildu izmeklējums ar kolonoskopiju (sk. zemāk "Papildu kolonoskopija").
Daudzi pacienti kolonoskopijas izmeklējuma laikā piedzīvo vismaz zināmu diskomfortu vai sāpes. Kopumā par grūtāko procedūras daļu tiek uzskatīta zarnu sagatavošana ar caurejas līdzekli (t. i., pirms kolonoskopijas nepieciešamā sagatavošanās). Ja tiek konstatēti polipi vai mazi ļaundabīgie audzēji, skrīninga kolonoskopija lielākajā daļā gadījumu nozīmē, ka nekādi papildu izmeklējumi nebūs vajadzīgi, jo tajā tiek izmeklēta arī zarnu augšējā daļa. Eiropas Savienībā par smagām komplikācijām ir ziņots apmēram 1 līdz 5 no 1000 izmeklējumiem. Komplikāciju varbūtība ir lielāka tādu kolonoskopiju gadījumā, kuru laikā ir atklāti un likvidēti polipi. Ārkārtīgi retos gadījumos kolonoskopija var izraisīt nāvi.
Papildu kolonoskopija ir kolonoskopija, ko veic, lai izmeklētu anormālus gvajaka TSAI vai FIT rezultātus vai pārbaudīt zarnu augšdaļu cilvēkiem, kam ir anormāli sigmoidoskopijas skrīninga rezultāti. Ar to ir saistīts nedaudz lielāks komplikāciju risks nekā skrīninga kolonoskopijas gadījumā, jo pastāv lielāka iespējamība, ka tiks konstatēti un likvidēti polipi vai vēža formas. Daudzi no skrīningā likvidētajiem polipiem pacienta mūžā neizveidotos par vēzi, taču to, kuri polipi pārveidotos par vēzi, prognozēt nav iespējams. Eiropā ir ziņots par būtiskām komplikācijām 1 gadījumā no 200 veiktajiem papildu kolonoskopijas izmeklējumiem. Operācijai ir lielāks komplikāciju risks, ja kolonoskopijas laikā nav bijis iespējams polipu vai vēzi likvidēt. Ārkārtīgi retos gadījumos (1 no 10 000 izmeklējumiem) kolonoskopijas rezultātā var iestāties nāve, taču skrīninga rezultātā novērsto zarnu vēža nāves gadījumu skaits ir daudz lielāks.