Származhatnak ártalmak vagy kockázatok a szűrővizsgálat elvégzéséből, illetve a kóros vizsgálati eredmények tisztázásához szükséges további vizsgálatokból, valamint a szűrés során kimutatott elváltozások kezeléséből.

A gvajakolos fekális okkult vérteszt és az immunkémiai székletvérteszt fájdalommentes és biztonságos. Ezek a vértesztek azonban kimutathatnak a székletben olyan vért, ami nem áll összefüggésben bélrákkal vagy polippal. Ha vért találnak a székletében, további kolonoszkópiás vizsgálatot ajánlanak fel Önnek (lásd lejjebb: „utánkövetéses” kolonoszkópia). Azok, akiket kóros szűrővizsgálati eredményeik miatt további vizsgálatokra utalnak, szorongást érezhetnek, de általában ez nem tart sokáig.

A szigmoidoszkópia során sok beteg tapasztal bizonyos fokú kellemetlen vagy fájdalmas érzést, de ez kisebb mértékű, mint kolonoszkópia esetén. Kisebb szövődmények (hányinger, ájulásérzés vagy szédülés, hasi fájdalom) 150 szigmoidoszkópos vizsgálatból kevesebb, mint 1 vizsgálat során fordulnak elő. Súlyosabb szövődmények, úgymint a bélfal erős vérzése vagy átszakadása 3 000 szigmoidoszkópos vizsgálatból kb. 1 vizsgálat során fordulnak elő. Közvetlenül a vizsgálat után jelentkező erős fájdalom 50 beteg közül 1 esetében fordul elő.

A gvajakolos fekális okkult vérteszthez és az immunkémiai székletvérteszthez hasonlóan, kóros vizsgálati eredmény esetén további kolonoszkópiás vizsgálatra van szükség (lásd lejjebb: „utánkövetéses” kolonoszkópia).

A kolonoszkópia során sok beteg tapasztal valamilyen fokú kellemetlen vagy fájdalmas érzést. A betegek általában a hashajtós bélelőkészítést (vagyis a kolonoszkópiás vizsgálatot megelőző előkészítést) érzik az eljárás legkellemetlenebb részének. Szűrési célú kolonoszkópia esetén sok esetben nincs szükség további vizsgálatra, ha polipot vagy kisebb rákos elváltozást mutatnak ki, mert a vizsgálat a bél felső szakaszára is kiterjed. Az Európai Unióban 1 000 vizsgálat közül kb. 1-5 esetben számoltak be súlyosabb szövődményekről. A szövődmények előfordulása valószínűbb olyan kolonoszkópiás vizsgálatok esetében, amelyek során polipot találnak és távolítanak el. Rendkívül ritka esetben a kolonoszkópia halált okozhat.

Az utánkövetéses kolonoszkópia a gvajakolos fekális okkult vérteszttel vagy immunkémiai székletvérteszttel megállapított kóros eredmények utánkövetése, vagy a kóros szigmoidoszkópos vizsgálati eredménnyel rendelkező betegek felső bélszakaszának ellenőrzése érdekében végzett kolonoszkópiás vizsgálat. A szűrési célú kolonszkópiánál valamivel magasabb kockázatot hordoz, mivel nagyobb az esély polipok, illetve rákos elváltozások észlelésére és eltávolítására. A szűrés során eltávolított polipok közül sok nem fejlődött volna rákos betegséggé a beteg élettartama során, de nem lehet megjósolni, hogy mely polipokból lesz rák. Európában 200 utánkövetéses kolonoszkópiából kb. 1 esetben számoltak be súlyosabb szövődményekről. Nagyobb a szövődmények kockázata sebészeti beavatkozás során, ha a polipot vagy rákot nem lehet kolonoszkópiával eltávolítani. Rendkívül ritka esetekben (10 000 vizsgálat közül 1 esetben) a kolonoszkópia halált okozhat, de ennél sokkal magasabb a szűréssel megelőzött bélrák eredetű elhalálozások száma.