Seulonta vaatii erityisiä toimenpiteitä laadun varmistamiseksi, koska vain osalta seulontaan kutsutuista löytyy syöpä tai syöpään mahdollisesti myöhemmin johtava esiaste. Monet näistä ihmisistä hyötyvät jatkuvasta seulonnasta, koska hoito voi olla tehokkaampaa ja aiheuttaa vähemmän sivuvaikutuksia, jos se aloitetaan jo ennen oireiden ilmenemistä. Joskus kuitenkin löydetään syöpäsairauksia, joita ei voida vielä hoitaa edes parhailla mahdollisilla menetelmillä, ja joskus löydetään ja aletaan hoitaa syöpiä, joita ei olisi välttämättä löydetty ilman seulontaa (ylidiagnostiikka) Lisäksi seulonnassa suositeltavien turvallisten testausmenetelmien käyttö ei sekään ole täysin riskitöntä. Suurin osa poikkeavan seulontatuloksen saaneista on lähetettävä jatkotutkimuksiin sen varmistamiseksi, että kyse on todella syövästä tai sen esiasteesta. Jatkotutkimukset voivat aiheuttaa huolta ja joskus ihmiseltä tarvitaan kudosnäytteitä, joiden ottamiseen liittyy riskejä.

Seulonnassa todetun syövän varhaisasteen hoitaminen voi myös olla vaikeampaa lääkäreille, joilla on enemmän kokemusta pidemmälle edenneiden syöpien hoidosta. Näin ollen erityiskoulutus ja ‑osaaminen saattavat olla tarpeen. Vaikka seulontaan liittyvien haittavaikutusten riski on keskimäärin hyvin pieni yksilötasolla, kokonaisriski ja yhteiskunnalle koituvat kustannukset kasvavat, koska seulonta koskee suurta määrää ihmisiä.

Jotta seulonnalla saavutettaisiin mahdollisimman suuri hyöty ja se aiheuttaisi kaikille osapuolille mahdollisimman vähän haittoja, tarjotun palvelun on oltava mahdollisimman korkealaatuista. Periaatteelliset ohjeet sekä yksityiskohtaiset käytännöt, standardit ja suositukset, jotka sisältyvät Euroopan komission julkaisemiin syöpäseulontojen laadunvarmistusta koskeviin eurooppalaisiin suuntaviivoihin, auttavat varmistamaan seulontaohjelmien laadukkuuden. Organisoidut seulontaohjelmat muodostavat parhaat puitteet laadunvarmistusta koskevien eurooppalaisten suuntaviivojen noudattamiselle. Tehokas laadunvarmistus takaa, että syöpäseulontoihin liittyvät riskit ja hyödyt ovat tasapainossa keskenään.