Syövän havaitseminen varhaisessa vaiheessa ei aina alenna naisen riskiä kuolla rintasyöpään. Vaikka mammografiassa voidaan löytää pahanlaatuiset kasvaimet, joita ei voi tuntea, pienten kasvainten hoitaminen ei aina takaa sitä, ettei nainen kuole syöpään. Nopeasti kasvavat tai aggressiiviset syöpäkasvaimet ovat voineet levitä elimistön muihin osiin jo ennen syövän toteamista. Seulonta ei välttämättä pidennä elinikää naisilla, joilla on tällaisia kasvaimia, mutta nämä naiset saattavat joutua elämään pidempään tietoisena siitä, että saattavat kuolla sairauteen. Mammografiaseulonnat eivät välttämättä myöskään pidennä niiden naisten elämää, joilla on muita vakavia terveysongelmia.
Röntgensäteily voi aiheuttaa syöpää. Mammografiassa tarvitaan vain vähän säteilyä, joten sen aikaiseen altistukseen liittyvien ongelmien riski on pieni. Mammografian edut ovat organisoidussa seulontaohjelmissa suuremmat kuin säteilyaltistuksen mahdolliset haitat.
Vääriä positiivisia tuloksia tulee, kun röntgenlääkäri pitää mammografiatutkimuksen tulosta poikkeavana, vaikka potilaalla ei todellisuudessa ole syöpää. Kaikki poikkeavat mammografiatulokset pitäisi tarkastaa lisätutkimuksilla (lisämammografia, ultraäänitutkimus ja/tai koepalan ottaminen) mahdollisen syövän toteamiseksi. Mammografiatutkimuksesta saadut väärät positiiviset tulokset saattavat aiheuttaa ahdistusta ja muita psyykkisiä oireita,mutta ne eivät tavallisesti ole pitkäkestoisia. Mahdollisen syöpädiagnoosin antamiseksi tarvittavat lisätutkimukset saattavat viedä myös aikaa ja olla fyysisesti epämiellyttäviä. Eurooppalaisten laatustandardien avulla pyritään lyhentämään odotusaikoja sekä vähentämään odottamiseen liittyvää ahdistuneisuutta.
Kahdenkymmenen vuoden aikana noin yksi viidestä seulontaan säännöllisesti osallistuvasta naisesta saa väärän positiivisen tuloksen, joka voidaan varmentaa ilman invasiivisia toimenpiteitä. Saman ajan kuluessa noin yksi kymmenestä naisesta tarvitsee invasiivisia toimenpiteitä, joihin ei liity leikkausta (eli neulalla otetaan pieniä näytteitä rintakudoksesta), ja noin yksi kymmenestä naisesta joutuu leikkaukseen mammografiatuloksen varmistamiseksi.
Riskinä on myös se, että seulonnassa löydetään rintasyöpäkasvain, jota lääkäri tai potilas itse eivät olisi koskaan huomanneet ilman seulontaa. Tällöin on kyse ylidiagnostiikasta. Valitettavasti ei ole mahdollista määrittää, kuinka moni seulonnan yhteydessä todetuista syövistä on ylidiagnosoituja. Keskimäärin 5–10 seulonnassa todetuista sadasta syöpätapauksesta on arvioiden mukaan ylidiagnosoituja. Nuorilla naisilla riski on pienempi kuin iäkkäämmillä naisilla.