HPV-rokote on hyvin turvallinen. Yli 170 miljoonaa naista ja tyttöä on jo saanut rokotuksen. Yleisimpiä haittavaikutuksia ovat olleet kipu pistokohdassa, kuume, huimaus ja pahoinvointi. Kyse on lyhytaikaisista vaikutuksista, eikä rokotuksesta ole tiettävästi seurannut vakavia ongelmia. Kansalliset ja Euroopan unionin terveysviranomaiset sekä Maailman terveysjärjestö (WHO) valvovat jatkossakin rokotuksen turvallisuutta ja mahdolliset vakavat ongelmat analysoidaan huolellisesti.