Efectele nocive sau riscurile pot rezulta în urma efectuării testului de screening sau a testelor suplimentare necesare pentru clarificarea rezultatelor anormale ale testelor de screening și în urma tratării leziunilor depistate prin screening.

Testul hemoragiei oculte fecale (FOBT) și testul imunochimic fecal (FIT) sunt nedureroase și sigure. Cu toate acestea, FOBT sau FIT pot depista sânge în scaun care nu are legătură cu un cancer intestinal sau cu polipii. Dacă se constată prezența sângelui în scaun, vi se vor recomanda examinări suplimentare prin colonoscopie (a se vedea „Colonoscopia de control”, mai jos). Persoanele cărora li se recomandă examinări suplimentare ca urmare a rezultatelor anormale ale testelor de screening suferă uneori de anxietate, dar acest fenomen nu este, de regulă, de lungă durată.

Mulți pacienți simt cel puțin un oarecare disconfort sau o oarecare durere în timpul sigmoidoscopiei flexibile, dar acestea au o intensitate mai redusă decât în cazul colonoscopiei. Complicații minore (greață, senzație de leșin, amețeală sau dureri abdominale) apar la mai puțin de 1 sigmoidoscopie flexibilă din 150 efectuate. Complicații majore, inclusiv sângerări abundente sau rupturi de perete intestinal, apar la aproximativ 1 sigmoidoscopie flexibilă din 3 000 efectuate. Durerea severă imediat după examinare apare la aproximativ 1 din 50 de pacienți.

La fel precum în cazul screeningului prin FOBT cu guaiac sau prin FIT, un examen de screening anormal necesită efectuarea examinării suplimentare prin colonoscopie (a se vedea „Colonoscopia de control”, mai jos).

Mulți pacienți simt cel puțin un oarecare disconfort sau o oarecare durere în timpul colonoscopiei. În general, pregătirea intestinului prin administrarea de laxative (și anume, pregătirea necesară înainte de colonoscopie) este percepută ca fiind cea mai dificilă parte a procedurii. Colonoscopia ca metodă de screening elimină necesitatea unui alt examen în multe cazuri în care sunt depistați polipi sau cancere mici, întrucât ea acoperă, de asemenea, partea proximală a intestinului gros. Complicații majore au fost raportate în Uniunea Europeană în aproximativ 1 până la 5 examinări din 1 000 de examinări efectuate. Complicațiile sunt mult mai probabile în cazul colonoscopiilor în care sunt identificați și eliminați polipi. În cazuri extrem de rare, colonoscopia poate duce la deces.  

Colonoscopia de control este o colonoscopie efectuată pentru a controla un rezultat anormal obținut în urma efectuării unui FOBT cu guaiac sau a unui FIT sau pentru a examina partea proximală a intestinului gros la persoanele cu rezultate anormale la screeningul prin sigmoidoscopie. Colonoscopia de control prezintă un risc mai mare de complicații decât colonoscopia de screening, din cauza probabilității mai mari de depistare și eliminare a polipilor sau a leziunilor canceroase. Mulți dintre polipii eliminați în timpul screeningului nu ar fi evoluat către cancer în timpul vieții persoanei în cauză, dar nu este posibil să se prevadă care polipi vor evolua către cancer. În Europa, au fost raportate complicații majore în aproximativ 1 colonoscopie de control din 200 efectuate. Există un risc mai mare de complicații asociat cu intervențiile chirurgicale dacă polipul sau leziunile canceroase nu pot fi eliminate la colonoscopie. În cazuri extrem de rare (1 din 10 000 examene) colonoscopia poate duce la deces, dar numărul de decese cauzate de cancerul intestinal prevenit prin screening este mult mai mare.