Αρνητικές επιπτώσεις ή κίνδυνοι μπορεί να προκύψουν από τη διενέργεια μιας προληπτικής εξέτασης ή από πρόσθετες εξετάσεις που απαιτούνται για την εξακρίβωση των μη φυσιολογικών αποτελεσμάτων της προληπτικής εξέτασης, καθώς και από τη θεραπεία των αλλοιώσεων που ανιχνεύονται μέσω του προσυμπτωματικού ελέγχου.

Οι προληπτικές εξετάσεις FOBT και FIT είναι ανώδυνες και ασφαλείς. Ωστόσο, η FOBT ή η FIT μπορεί να ανιχνεύσει αίμα στα κόπρανά σας το οποίο δεν σχετίζεται με καρκίνο του παχέος εντέρου ή πολύποδες. Εάν βρεθεί αίμα στα κόπρανά σας, θα παραπεμφθείτε για περαιτέρω έλεγχο με κολονοσκόπηση (βλ. «Περαιτέρω έλεγχος με κολονοσκόπηση» παρακάτω). Τα άτομα που παραπέμπονται για περαιτέρω εξετάσεις λόγω μη φυσιολογικών αποτελεσμάτων κατά τον προσυμπτωματικό έλεγχο αισθάνονται ορισμένες φορές άγχος, το οποίο όμως συνήθως δεν διαρκεί πολύ.

Πολλοί ασθενείς αισθάνονται, τουλάχιστον σε κάποιον βαθμό, δυσφορία ή πόνο με την εύκαμπτη σιγμοειδοσκόπηση, ωστόσο σε μικρότερο βαθμό απ’ ό,τι με την κολονοσκόπηση. Μικρές επιπλοκές (ναυτία, αίσθημα αδυναμίας ή ζάλης ή κοιλιακός πόνος) παρουσιάζονται σε λιγότερες από 1 στις 150 σιγμοειδοσκοπήσεις. Σοβαρές επιπλοκές, συμπεριλαμβανομένης της βαριάς αιμορραγίας ή της διάτρησης του τοιχώματος του εντέρου, παρουσιάζονται περίπου σε 1 στις 3.000 σιγμοειδοσκοπήσεις. Έντονος πόνος αμέσως μετά την εξέταση παρουσιάζεται περίπου σε 1 στους 50 ασθενείς.

Όπως και με τις προληπτικές εξετάσεις FOBT ή FIT, τα μη φυσιολογικά αποτελέσματα κατά τον προσυμπτωματικό έλεγχο απαιτούν περαιτέρω έλεγχο με κολονοσκόπηση (βλ. «Περαιτέρω έλεγχος με κολονοσκόπηση» παρακάτω).

Πολλοί ασθενείς αισθάνονται, τουλάχιστον σε κάποιον βαθμό, δυσφορία ή πόνο με την κολονοσκόπηση. Η προετοιμασία του εντέρου με καθαρτικό (δηλ. η προετοιμασία που απαιτείται πριν από τη διενέργεια της κολονοσκόπησης) θεωρείται κατά κανόνα το χειρότερο μέρος της διαδικασίας. Σε πολλές περιπτώσεις, με την προληπτική κολονοσκόπηση αποφεύγεται η διενέργεια άλλης εξέτασης όπου ανιχνεύονται πολύποδες ή μικρές καρκινικές αλλοιώσεις, διότι η κολονοσκόπηση καλύπτει επίσης το ανώτερο τμήμα του εντέρου. Σοβαρές επιπλοκές έχουν αναφερθεί στην Ευρωπαϊκή Ένωση σε περίπου 1 έως 5 στις 1.000 εξετάσεις. Επιπλοκές είναι πιθανότερο να προκύψουν σε κολονοσκοπήσεις κατά τις οποίες εντοπίζονται και αφαιρούνται πολύποδες. Σε εξαιρετικά σπάνιες περιπτώσεις, η κολονοσκόπηση ενδέχεται να οδηγήσει σε θάνατο.  

Ο περαιτέρω έλεγχος με κολονοσκόπηση διενεργείται για την εξακρίβωση ενός μη φυσιολογικού αποτελέσματος σε τεστ FOBT ή FIT ή για τον έλεγχο του ανώτερου τμήματος του εντέρου σε άτομα με μη φυσιολογικά αποτελέσματα στη σιγμοειδοσκόπηση. Ενέχει ελαφρώς υψηλότερους κινδύνους επιπλοκών σε σχέση με την προληπτική κολονοσκόπηση, καθώς υπάρχουν περισσότερες πιθανότητες ανακάλυψης και αφαίρεσης πολυπόδων ή καρκίνων. Πολλοί από τους πολύποδες που αφαιρούνται κατά τον προσυμπτωματικό έλεγχο δεν θα είχαν εξελιχθεί σε καρκίνο κατά τη διάρκεια της ζωής ενός ατόμου, ωστόσο δεν είναι δυνατόν να προβλεφθεί ποιοι πολύποδες θα εξελιχθούν σε καρκίνο. Σοβαρές επιπλοκές έχουν αναφερθεί στην Ευρώπη σε περίπου 1 στις 200 κολονοσκοπήσεις που διενεργούνται για περαιτέρω έλεγχο. Υπάρχει μεγαλύτερος κίνδυνος επιπλοκών από μια χειρουργική επέμβαση, εάν η αφαίρεση του πολύποδα ή του καρκίνου δεν είναι δυνατή με κολονοσκόπηση. Σε εξαιρετικά σπάνιες περιπτώσεις (1 στις 10.000 εξετάσεις), η κολονοσκόπηση ενδέχεται να προκαλέσει θάνατο, ωστόσο ο αριθμός των θανάτων από καρκίνο του παχέος εντέρου που προλαμβάνονται με τον προσυμπτωματικό έλεγχο είναι πολύ μεγαλύτερος.