A kóros szűrővizsgálati eredmények tisztázásához szükséges további vizsgálatokból, valamint a szűrés során kimutatott elváltozások kezeléséből származhatnak ártalmak vagy kockázatok, például fájdalom, vérzés, fertőzés. A további vizsgálatokon részt vevő, kezelésben nem részesülő nők között 5 vagy 6 nő közül kb. 1 számolt be 6 héten belül előforduló fájdalomról vagy vérzésről vagy folyásról. A kezelés szorongást is okozhat, ritkán pedig koraszülést és alacsony születési testsúlyt. A szűrés során kimutatott, rákos megbetegedést megelőző elváltozások nem mindegyike rákosodna el kezelés hiányában, de nem lehet megjósolni, hogy melyek azok az elváltozások, amelyek maguktól meggyógyulnak, és melyek azok, amelyek rákhoz vezetnek, ezért jobb, ha minden elváltozást kezelünk.

A rákos megbetegedést megelőző elváltozások túldiagnosztizálásának és túlkezelésének kockázata minimálisra csökkenthető már egyszerűen azzal, hogy részt veszünk a szervezett szűrőprogramon, amikor meghívást kapunk a programon való részvételre. 25 éves kor alatt nem javasolt a méhnyakrákszűrésen való részvétel, de ha bármilyen aggasztó tünetet észlel, mint például szokatlan hüvelyi vérzés, függetlenül attól, hogy hány éves, keresse fel orvosát.

A humán papillomavírus (HPV) kimutatására irányuló vizsgálati módszer alkalmazása nem javasolt szervezett szűrőprogramon kívüli méhnyakrászűrésre, mivel a fertőzés legtöbbször kezelés nélkül is elmúlik, különösen a 30-35 évnél fiatalabb nők esetében. Ezért nem javasolt ennek a vizsgálati módszernek az alkalmazása fiatalabb nők esetében.