Paciento sveikatai gali pakenkti ir riziką jam gali kelti profilaktinis tyrimas arba papildomi tyrimai, kuriuos reikia atlikti siekiant patikslinti profilaktinio tyrimo rezultatų nukrypimus nuo normos, taip pat per atrankinę patikrą aptiktų pakitimų gydymas.
Atrankinės patikros tikslais atliekamas išmatų slapto kraujavimo tyrimas (ISKT) ir imunochemine reakcija paremtas išmatų tyrimas (IRPIT) nesukelia skausmo ir yra saugūs. Tačiau atliekant ISK ar IRPIT, išmatose gali būti aptikta kraujo, kuris nesusijęs su storosios žarnos vėžiu ar polipais. Jeigu jūsų išmatose bus aptikta kraujo, jums bus pasiūlyta atlikti tolesnius tyrimus kolonoskopu (žr. „Kontrolinė kolonoskopija“ toliau). Kartais žmonės, kurie siunčiami tolesniems tyrimams dėl profilaktinio tyrimo rezultatų nukrypimų nuo normos, patiria nerimą, bet paprastai jis trunka neilgai.
Atliekant lanksčiąją sigmoidoskopiją, daugelis žmonių patiria bent tam tikro lygio nemalonius pojūčius ar skausmą, bet jie ne tokie intensyvūs kaip atliekant kolonoskopiją. Mažiau nei 1 iš 150 atvejų, kai atliekama lanksčioji sigmoidoskopija, pacientams pasireiškia nedidelės komplikacijos (pykinimas, alpulys ar galvos svaigimas arba pilvo skausmas). Maždaug 1 iš 3 000 atvejų, kai atliekama lanksčioji sigmoidoskopija, pacientams pasireiškia sunkios komplikacijos, įskaitant stiprų kraujavimą arba storosios žarnos sienelės plyšimą. Tuoj po tyrimo stiprų skausmą jaučia maždaug 1 iš 50 pacientų.
Kaip ir brantmedžio rūgšties reakcija paremto ISKT arba IRPIT atveju, jeigu profilaktinio tyrimo rezultatai su nukrypimais nuo normos, reikia atlikti papildomus tyrimus kolonoskopu (žr. toliau pastraipą apie kontrolinę kolonoskopiją).
Atliekant kolonoskopiją daugelis pacientų patiria bent nelabai stiprius nemalonius pojūčius ar skausmą. Žarnyno paruošimas tyrimui vartojant laisvinamuosius vaistus (t. y. prie kolonoskopiją būtinas pasiruošimas) paprastai laikomas nemaloniausia procedūros dalimi. Atliekant profilaktinę kolonoskopiją daugeliu atvejų, kai aptinkama polipų ar nedidelių vėžinių darinių, nebereikia atlikti kito tyrimo, nes kolonoskopijos metu apžiūrima ir viršutinė storosios žarnos dalis. Europos Sąjungoje apie sunkias komplikacijas pranešama atliekant maždaug 1–5 tyrimus iš 1 000. Komplikacijos labiau tikėtinos, kai atliekant kolonoskopiją aptinkama polipų ir jie pašalinami. Labai retais atvejais kolonoskopija gali sukelti mirtį.
Kontrolinė kolonoskopija – tai kolonoskopija, kuri atliekama siekiant toliau stebėti nuo normos nukrypusius brantmedžio rūgšties reakcija paremto ISKT arba IRPIT rezultatus arba siekiant patikrinti žmonių, kurių profilaktinės sigmoidoskopijos rezultatai buvo su nukrypimais nuo normos, viršutinę storosios žarnos dalį. Kontrolinės kolonoskopijos keliama komplikacijų rizika šiek tiek didesnė nei profilaktinės kolonoskopijos – dėl didesnės tikimybės, kad bus aptikta ir pašalinta polipų ar vėžinių darinių. Daugelis per atrankinę patikrą pašalinamų polipų per visą žmogaus gyvenimą neprogresuotų į vėžį, bet numatyti, kurie polipai supiktybės, neįmanoma. Europoje apie sunkias kontrolinės kolonoskopijos komplikacijas pranešama atlikus maždaug 1 iš 200 tokių tyrimų. Jei polipo ar vėžinio darinio negalima pašalinti kolonoskopijos metu, operacija kelia didesnę komplikacijų riziką. Labai retais atvejais (atliekant 1 tyrimą iš 10 000) kolonoskopija gali baigtis mirtimi, tačiau mirties nuo storosios žarnos vėžio atvejų, kuriems pavyko užkirsti kelią atlikus atrankinę patikrą, skaičius daug didesnis.