A szűrés során különleges erőfeszítésekre van szükség a szolgáltatások minőségének biztosítása érdekében, mivel a rákszűrésen részt vevő emberek közül csak néhányan lesznek olyanok, akiknél megállapítják a betegséget vagy azt a korai állapotot, ami rákhoz vezethet. Ezek között az emberek között sokan lesznek olyanok, akik számára hasznos a szűrésen való részvétel, mert a tünetek jelentkezése előtt elkezdett kezelés hatékonyabb lehet, és kevesebb mellékhatással jár. Lesznek azonban olyan kiszűrt rákos megbetegedések is, amik még nem gyógyíthatók a legjobb kezeléssel sem, és lesznek olyan észlelt és kezelt esetek is, amelyekre szűrés nélkül valószínűleg nem derült volna fény (túldiagnosztizálás). Ezenfelül pedig még a szűrésre ajánlott biztonságos vizsgálatok sem teljesen mentesek minden kockázattól. Például a kóros szűrővizsgálati eredménnyel rendelkező emberek többségének szüksége van további vizsgálatokra annak megállapítása érdekében, hogy rák vagy rák előtti állapot áll-e fenn náluk. A további vizsgálatok aggodalmat keltenek, egyes emberek esetében esetleg szövetmintákat kell venni, ami magában hordozza az orvosi eljárások elvégzésének kockázatait.

Előfordulhat, hogy a szűrővizsgálatok során észlelt korai rákbetegségek kezelése bonyolultabb feladat az olyan orvosok számára, akik több tapasztalattal rendelkeznek az előrehaladottabb rákbetegségek terén; ezért tehát szükség lehet speciális képzésre és képességekre. Habár egy adott személy esetében átlagosan csekély a szűrésen való részvételből származó károsodás kockázata, az általános kockázatok és a társadalomnak okozott költségek összeadódnak az érintettek nagy számának köszönhetően.

Ahhoz, hogy a lehető legnagyobb mértékben kihasználhassuk a szűrés előnyeit, miközben a lehető legkevesebb ártalmat okozzuk az emberek számára, a nyújtott szolgáltatásoknak a lehető legjobb minőségűeknek kell lenniük. Az Európai Bizottság által kiadott, a rákszűrésre vonatkozó európai minőségbiztosítási iránymutatások tartalmazza azokat az irányelveket és részletes protokollokat, szabványokat és ajánlásokat, amelyek segítenek abban, hogy a programok megvalósítsák ezt a magas színvonalat. A szervezett szűrőprogramok a legkedvezőbb feltételeket nyújtják az európai minőségbiztosítási iránymutatások követéséhez. A hatékony minőségbiztosítás biztosítja, hogy a rákszűrés kockázata és az általa elért előnyök közötti egyensúly elfogadható maradjon.