La realización de pruebas de cribado u otras necesarias para aclarar resultados anormales del mismo o para tratar las lesiones detectadas puede conllevar daños o riesgos.

Las pruebas de sangre oculta en heces son indoloras y seguras, pero pueden detectar sangre en las heces que no esté relacionada con pólipos ni con cáncer colorrectal. Si dan positivo, le propondrán una colonoscopia (véase el epígrafe «colonoscopia de seguimiento»). Algunas de estas personas se sienten inquietas por ello, pero esto suele ser pasajero.

A muchas personas les resulta algo incómoda o dolorosa la sigmoidoscopia flexible, aunque menos que la colonoscopia. Se presentan complicaciones poco importantes (náuseas, mareos o dolor abdominal) en menos de una persona por cada ciento cincuenta sigmoidoscopias flexibles. Complicaciones serias, como hemorragia profusa o perforación de la pared intestinal, se presentan en una de cada tres mil sigmoidoscopias flexibles. Presenta dolor intenso inmediatamente después de la exploración uno de cada cincuenta pacientes.

Igual que en el caso de las pruebas de sangre oculta en heces, una sigmoidoscopia flexible anormal requiere después una colonoscopia (véase el epígrafe «colonoscopia de seguimiento»).

A muchas personas les resulta algo incómoda o dolorosa la colonoscopia. La preparación laxante del intestino (previa a la colonoscopia) es la parte que muchos consideran peor de toda la exploración. Con el cribado por colonoscopia se evitan en muchos casos otras exploraciones para detectar pólipos o pequeños cánceres, porque también permite explorar la mitad superior del intestino. En la UE se presentan complicaciones serias en una a cinco de cada mil colonoscopias. Las complicaciones son más frecuentes cuando en la colonoscopia se encuentran y extirpan pólipos. En algún caso extremadamente raro, la colonoscopia puede llevar a la muerte. 

Colonoscopia de seguimiento es la que se practica después de haber encontrado sangre oculta en heces, o bien para explorar la mitad alta del intestino grueso tras una sigmoidoscopia anormal. Presenta algo más de riesgo de complicaciones que la colonoscopia de cribado, pues es más probable encontrar en ella pólipos o cánceres que se extirparán. Muchos de los pólipos que se extirpan en el cribado no se habrían convertido en cáncer en la vida de una persona, pero es imposible predecir cuáles lo harán. En la UE se presentan complicaciones serias en una de cada doscientas colonoscopias de seguimiento. Hay más riesgo de complicaciones debidas a la cirugía ulterior si el pólipo o el cáncer no ha podido extirparse en la colonoscopia. En algún caso extremadamente raro (una de cada diez mil exploraciones), la colonoscopia de seguimiento puede llevar a la muerte, pero es mucho mayor el número de muertes que pueden prevenirse gracias al cribado.