Os exames de rastreio, ou outros exames complementares necessários para clarificar os resultados anormais dos exames de rastreio, podem originar danos ou riscos, os quais podem ainda advir do tratamento das lesões detetadas através do exame de rastreio.

Os exames de rastreio por PSOF e TIF são indolores e seguros. No entanto, a PSOF e o TIF poderão detetar sangue nas fezes que não esteja relacionado com cancro do intestino ou pólipos. Se for detetado sangue nas suas fezes, ser-lhe-á sugerida a realização de exames complementares (ver «colonoscopia complementar» infra). As pessoas sujeitas a exames complementares decorrentes de resultados de rastreio anormais poderão, por vezes, sofrer episódios de ansiedade, os quais normalmente não são duradouros.

Muitos pacientes sentem, pelo menos, algum grau de desconforto ou dor ao serem submetidos à sigmoidoscopia flexível, sendo esse grau inferior ao experienciado com a colonoscopia. Menos de 1 em cada 150 sigmoidoscopias flexíveis resultam em complicações menores (náuseas, sensação de desmaio ou tonturas, dor abdominal). Poderão ocorrer complicações graves, incluindo hemorragia intensa ou laceração da parede do intestino, em cerca de 1 em cada 3000 sigmoidoscopias flexíveis. Imediatamente após o exame, cerca de 1 em cada 50 pacientes sente dores intensas.

Como acontece com o rastreio por PSOF com guaiaco ou TIF, um exame de rastreio que produza resultados anormais requer a realização de testes complementares (ver «colonoscopia complementar» infra).

Muitos pacientes sentem, pelo menos, algum grau de desconforto ou dor ao serem submetidos à colonoscopia. A preparação do intestino com laxante (ou seja, a preparação necessária antes de se submeter à colonoscopia) é geralmente considerada a pior parte do procedimento. Em muitos dos casos em que são detetados pólipos ou pequenos cancros, a colonoscopia de rastreio evita a necessidade de realizar outros exames, uma vez que abrange também a metade superior do intestino. Na União Europeia, há registo de complicações graves em cerca de 1 a 5 exames em cada 1000. As complicações são mais prováveis em colonoscopias que resultem na deteção e remoção de pólipos. Em casos extremamente raros, a colonoscopia pode resultar em morte. 

A colonoscopia complementar efetua-se no seguimento de um resultado anormal da PSOF ou do TIF, ou para verificar a metade superior do intestino em pessoas que tenham apresentado resultados anormais no rastreio por sigmoidoscopia. Este exame acarreta um risco de complicações ligeiramente mais elevado do que o risco decorrente da colonoscopia de rastreio, devido a uma maior probabilidade de deteção e remoção de pólipos ou cancros. Muitos dos pólipos removidos durante o rastreio não chegariam a evoluir para cancro durante a vida do paciente, mas não é possível prever que tipos de pólipos podem degenerar em cancro. Na Europa, há registo de complicações graves em cerca de 1 em cada 200 colonoscopias complementares. Se não for possível remover o pólipo ou cancro através da colonoscopia, existe um maior risco de complicações associado à cirurgia. Em casos extremamente raros (1 em 10 000 exames), a colonoscopia pode resultar em morte; porém, o número de mortes evitadas através do rastreio do cancro do intestino é muito superior.