Kai vėžys nustatomas ankstyvojoje stadijoje, moteriai kylanti mirties nuo krūties vėžio rizika ne visada sumažėja. Nors mamografija gali padėti aptikti piktybinius navikus, kurių neįmanoma užčiuopti, nedidelio naviko gydymas dar nereiškia, kad moteris nemirs nuo vėžio. Greitai augantis ar agresyvios formos vėžys, dar iki aptinkamas, jau gali būti išplitęs į kitas kūno dalis. Atrankinė patikra gali ir nepadėti pailginti moterų, kurioms diagnozuoti tokie navikai, gyvenimo trukmės, bet moterys su tokiais navikais gyvena ilgesnį laiką, žinodamos, kad galbūt serga mirtina liga. Be to, profilaktinė mamografija gali nepadėti pailginti moterų, kurios serga kitomis, rimtesnėmis ligomis, gyvenimo trukmės.

Rentgeno spinduliai gali sukelti vėžį. Atliekant mamografiją naudojamos nedidelės spinduliuotės dozės, taigi tokia apšvita kelia nedidelę žalos sveikatai riziką. Vykdant gerai parengtas programas atliekamos profilaktinės mamografijos nauda yra didesnė už apšvitos daromą žalą.

Klaidingi teigiami rezultatai nustatomi, kai radiologai mamogramoje aptinka anomaliją, nors faktiškai vėžio krūtyje nėra. Visais atvejais, kai mamogramoje aptinkamos anomalijos, turėtų būti atliekami papildomi tyrimai (diagnostinė mamografija, ultragarsinis tyrimas ir (arba) biopsija), siekiant nustatyti, ar krūtyje tikrai yra vėžinis darinys. Klaidingi teigiami mamografijos rezultatai gali sukelti nerimą ir kitokių psichologinių kančių, bet paprastai tai netrunka ilgai. Papildomi tyrimai, kuriuos būtina atlikti siekiant atmesti vėžio galimybę, taip pat gali atimti daug laiko ir sukelti psichologinį diskomfortą. Europos kokybės standartai skirti laukimo laikui sutrumpinti ir su tuo susijusiam nerimui sumažinti.

Per 20 metų laikotarpį maždaug viena iš 5 moterų, kurios reguliariai tikrinasi dėl krūties vėžio, gaus klaidingai teigiamus tyrimo rezultatus, kuriuos bus galima atmesti netaikant invazinių procedūrų. Per tokį pat laikotarpį maždaug vienai moteriai iš 10 reikės atlikti invazinę procedūrą (adata paimti nedidelius krūties audinio mėginius) be operacijos ir ne mažiau kaip maždaug 1 moteriai iš 100 bus atlikta operacija siekiant patikrinti mamografijos rezultatus.

Kita rizika yra tai, kad per atrankinę patikrą gali būti nustatytas krūties vėžys, kurio nei jūs, nei jūsų gydytojas niekada nebūtumėte aptikę, – jeigu nebūtų buvusi atlikta atrankinė patikra; tai vadinama perdiagnozavimu). Deja, atskirti, kurie iš per atrankinę patikrą nustatyti vėžiniai dariniai yra pertekliniai atvejai, neįmanoma. Manoma, kad vidutiniškai 5–10 atvejais iš 100, kai per atrankinę patikrą nustatomas vėžys, vėžinių susirgimų faktiškai nebūna. Jaunesnėms moterims ši rizika mažesnė, vyresnėms – didesnė.