Danni o rischi come dolore, sanguinamento e infezioni possono derivare dagli esami aggiuntivi necessari in caso di risultati anomali, nonché dal trattamento delle lesioni rilevate tramite screening. Circa 1 su 5-6 donne che hanno effettuato ulteriori esami senza trattamento ha riferito episodi di dolore, sanguinamento o infezione entro 6 settimane. Il trattamento può anche causare ansia e, in circostanze rare, persino parto prematuro con neonato di basso peso. Non tutte le lesioni precancerose rilevate tramite screening sono destinate a trasformarsi in cancro se non trattate, ma non essendo possibile prevedere quali lesioni guariranno spontaneamente e quali porteranno a un cancro, si consiglia di trattarle tutte.

È possibile ridurre al minimo il rischio di sovradiagnosi e sovratrattamento delle lesioni precancerose solo effettuando gli esami previsti dai programmi di screening organizzato, ossia quando si riceve un invito. Si consiglia di non sottoporsi allo screening per il cancro del collo dell'utero prima dei 25 anni, ma è bene rivolgersi al proprio medico in presenza di sintomi che destano preoccupazione, come un insolito sanguinamento vaginale a qualsiasi età.

Si consiglia di non effettuare il test per il papillomavirus umano (HPV) per lo screening per il cancro cervicale al di fuori di un programma organizzato, in quanto spesso l'infezione sparisce senza trattamento, in particolare nelle donne di età inferiore ai 30-35 anni. Ecco perché questo tipo di esame non è raccomandabile per le donne più giovani.