Os exames complementares necessários para clarificar resultados anormais obtidos em exames de rastreio podem originar certos danos ou riscos, como dores, hemorragias e infeções, os quais podem também resultar do tratamento de lesões detetadas durante o rastreio. Cerca de 1 em cada 5 ou 6 mulheres que se submeteram a exames complementares sem tratamento relatou a ocorrência de dores, hemorragias ou secreções num prazo de 6 semanas após os exames. O tratamento pode também provocar ansiedade, bem como, em raras circunstâncias, o parto prematuro de bebés com peso reduzido. Nem todas as lesões pré-cancerosas detetadas durante o rastreio provocariam o cancro caso não fossem devidamente tratadas, mas, como não é possível prever quais das lesões regrediriam sozinhas e quais as que evoluiriam para cancro, é preferível tratar todas as lesões pré-cancerosas.

É possível minimizar o risco de sobrediagnóstico e tratamento desnecessário de lesões pré-cancerosas participando apenas em programas organizados de rastreio, ou seja, na sequência de convite para rastreio enviado pelo programa. Recomenda-se que não se submeta a exames de rastreio do cancro do colo do útero antes dos 25 anos; no entanto, se detetar sintomas que lhe suscitem preocupação, como hemorragias vaginais invulgares (em qualquer idade), deve consultar o seu médico.

Não é aconselhável utilizar o teste do VPH no rastreio do cancro do colo do útero fora do âmbito de um programa organizado, visto que, muitas vezes, a infeção desaparece sem tratamento, particularmente em mulheres com menos de 30-35 anos. Por este motivo, é desaconselhável submeter mulheres jovens a este teste.