O rastreio requer um esforço redobrado para garantir a qualidade dos serviços, uma vez que apenas algumas das pessoas convidadas a participar no rastreio terão a doença ou problemas de saúde precoces que possam levar ao desenvolvimento de cancro. Muitas destas pessoas beneficiarão do facto de se submeterem ao rastreio, pois o tratamento iniciado antes do aparecimento de sintomas pode ser mais eficaz e provocar menos efeitos secundários. No entanto, poderão ser detetados alguns cancros para os quais ainda não existe cura, mesmo com os melhores tratamentos, podendo ainda ser detetados e tratados alguns casos que não seriam encontrados sem o rastreio (sobrediagnóstico). Além disso, mesmo os testes de rastreio recomendados, embora seguros, não são totalmente isentos de riscos. Por exemplo, a maioria das pessoas que apresentam resultados anormais nos exames de rastreio irá precisar de se submeter a exames complementares, a fim de se perceber se há ou não presença de cancro ou elementos pré-cancerosos. Os testes complementares podem ser motivo de preocupação e, para algumas pessoas, pode ser necessário colher amostras de tecido, o que envolve riscos relacionados com o procedimento médico.

Os cancros precocemente detetados através do rastreio podem também ser mais difíceis de tratar por médicos habituados a lidar com o cancro em fases mais avançadas; assim, podem ser necessárias formação e competências específicas. Embora o risco médio de efeitos nocivos resultantes do rastreio seja reduzido para qualquer indivíduo, acrescem àquele os riscos globais e o custo para a sociedade, devido ao grande número de pessoas envolvidas.

A fim de se retirar o máximo benefício do rastreio com o mínimo prejuízo para todos, os serviços prestados devem ser da melhor qualidade possível. Os princípios orientadores, bem como os protocolos, normas e recomendações pormenorizados estabelecidos pelas diretrizes europeias para a garantia da qualidade do rastreio do cancro, publicadas pela Comissão Europeia, contribuem para que os programas atinjam essa elevada qualidade. Os programas organizados de rastreio fornecem as melhores condições para o cumprimento das diretrizes europeias de garantia da qualidade. A garantia eficaz da qualidade é uma forma de assegurar que o equilíbrio entre os riscos e os benefícios do rastreio do cancro permanece aceitável.