Badanie przesiewowe lub dodatkowe badania mające na celu potwierdzenie nieprawidłowości wykrytych w trakcie badania przesiewowego, a także leczenie zmian patologicznych wykrytych w trakcie badania przesiewowego, mogą okazać się szkodliwe lub wiązać się z ryzykiem.

Przesiewowe badanie na krew utajoną w kale i przesiewowe badanie kału metodą immunochemiczną są bezbolesne i bezpieczne. Badanie na krew utajoną w kale lub badanie kału metodą immunochemiczną może jednak doprowadzić do wykrycia krwi w stolcu, której obecność nie będzie powiązana z rakiem jelita grubego ani z polipami. W przypadku wykrycia krwi w stolcu osoba biorąca udział w badaniu zostanie skierowana na badanie kolonoskopowe (zob. sekcja „Kolonoskopia kontrolna” poniżej). Osoby skierowane na dalsze badania z uwagi na fakt, że badanie przesiewowe ujawniło nieprawidłowości, są niekiedy tym zaniepokojone, ale niepokój z reguły nie trwa długo.

Wielu pacjentów doświadcza pewnego dyskomfortu lub bólu w trakcie zabiegu elastycznej sigmoidoskopii, ale poziom takiego dyskomfortu lub bólu jest niższy niż w przypadku kolonoskopii. Drobne powikłania (mdłości, uczucie osłabienia, zawroty głowy lub ból brzucha) występują rzadziej niż raz na każde 150 zabiegów elastycznej sigmoidoskopii. Poważniejsze powikłania, w tym poważne krwawienie lub perforacja jelita grubego, występują w przybliżeniu raz na 3 000 zabiegów elastycznej sigmoidoskopii. Około 1 na 50 pacjentów doświadcza silnego bólu tuż po zakończeniu zabiegu.

Podobnie jak w przypadku badania na krew utajoną w kale przeprowadzanego metodą gwajakolową lub badania kału metodą immunochemiczną, w razie wykrycia nieprawidłowości konieczne będzie wykonanie kolonoskopii (zob. sekcja „kolonoskopia kontrolna” poniżej).

Wielu pacjentów doświadcza pewnego dyskomfortu lub bólu w trakcie kolonoskopii. Na ogół za najbardziej nieprzyjemną część badania uważa się wykonanie lewatywy przygotowującej jelito grube do zabiegu (tj. procedura przygotowawcza przed kolonoskopią). Wykonanie kolonoskopii przesiewowej pozwala uniknąć w wielu przypadkach konieczności wykonania kolejnego badania, jeżeli wykryto polipy lub niewielkie zmiany nowotworowe, ponieważ kolonoskopia umożliwia również zbadanie górnej części jelita grubego. W Unii Europejskiej poważne powikłania występują w około 1–5 przypadkach na 1 000 zabiegów. Powikłania występują częściej w przypadku kolonoskopii, w trakcie której doszło do wykrycia i usunięcia polipów. W wyjątkowo rzadkich przypadkach zabieg kolonoskopii może zakończyć się śmiercią pacjenta.  

Kolonoskopię kontrolną wykonuje się, jeżeli wynik badania na krew utajoną w kale metodą gwajakolową lub badania kału metodą immunochemiczną wykaże wystąpienie nieprawidłowości, lub w celu zbadania górnej części jelita grubego osób, u których przesiewowa sigmoidoskopia ujawniła nieprawidłowości. Taki zabieg wiąże się z nieco większym ryzykiem powikłań niż kolonoskopia przesiewowa ze względu na większą szansę wykrycia polipów lub zmian rakowych, co w konsekwencji wiąże się z koniecznością ich usunięcia. Wiele polipów usuwanych w trakcie badania przesiewowego nigdy nie przekształciłoby się w zmiany rakowe w trakcie życia danej osoby, ale nie można przewidzieć, które z nich mogą potencjalnie wywołać chorobę nowotworową. Zgodnie z doniesieniami w Europie do poważnych powikłań dochodzi w około 1 przypadku na 200 kolonoskopii kontrolnych. Ryzyko wystąpienia powikłań związanych z zabiegiem chirurgicznym przeprowadzanym w przypadku braku możliwości usunięcia polipów lub zmian nowotworowych w trakcie kolonoskopii jest jednak znacznie wyższe. W niezwykle rzadkich przypadkach (1 na 10 000 zabiegów) kolonoskopia może doprowadzić do śmierci pacjenta, ale liczba zgonów spowodowanych rakiem jelita grubego, którym udaje się zapobiec dzięki badaniu przesiewowemu, jest znacznie większa.