Скрининговият тест или допълнителните тестове, необходими за обясняване на необичайните резултати от скрининговия тест и от лечението на лезиите, открити при скрининга, е възможно да вредят по някакъв начин или да е налице друг риск от тях.

Тестът за скрита кръв в изпражненията (TСКИ) и фекалният имунохимичен тест (ФИТ), които са скринингови тестове са безболезнени и безопасни. При TСКИ и ФИТ обаче може да се открие кръв в изпражненията, която да не се дължи на рак на дебелото черво или на полипи. Ако в изпражненията ви бъде открита кръв, ще ви бъдат предложени допълнителни тестове с колконоскопия (вж. „проследяваща колоноскопия“ по-долу). Хората, изпратени за допълнително изследване поради необичайни резултати от скрининговия тест, изпитват понякога безпокойство, но това обикновено не продължава дълго време.

Много от пациентите изпитват поне известна степен на неудобство или болка по време на гъвкавата сигмоидоскопия, но в по-малка степен отколкото при колоноскопията. Незначителни усложнения (гадене, чувство на отпадналост или замаяност или коремна болка) се наблюдават при по-малко от 1 от всеки 150 гъвкави сигмоидоскопии. Големи усложнения, включително обилно кървене или разкъсване през стената на дебелото черво се наблюдават при 1 от 3 000 гъвкави сигмоидоскопии. Остра болка непосредствено след изследването се наблюдава при един от 50 пациента.

Както и при скрининга, при който се използва гваяков TСКИ или ФИТ, необичайните резултатите от скрининговия преглед изискват допълнително изследване с колоноскопия (вж. „проследяваща колоноскопия“ по-долу).

Много от пациентите изпитват поне известна степен на неудобство или болка по време на колоноскопията. Подготовката на дебелото черво със слабителни (т.е. подготовката, която се изисква преди посещението за колоноскопия) се приема обикновено за най-лошата част от процедурата. При скрининговата колоноскопия се избягва необходимостта от друго изследване в редица случаи, в които са открити полипи или малки ракови образувания, тъй като тя обхваща и горния край на дебелото черво. В Европейския съюз са докладвани значителни усложнения при 1 до 5 от 1000 изследвани. Появата на усложнения е по-вероятна при колоноскопии, при които полипите са открити и отстранени. В много редки случаи колоноскопията може да доведе до смърт.  

Проследяващата колноскопия е колоноскопия, която се извършва за проследяване на необичайни резултати от гваяков TСКИ или ФИТ или за проверка на горната част на дебелото черво при хора с необичайни резултати от сигмоидоскопския скрининг. При нея рисковете от усложнения са малко по-високи, отколкото при скрининговата колоноскопия, поради по-голямата вероятност от откриване и отстраняване на полипи или ракови заболявания. Много от отстранените по време на скрининга полипи няма да се развият в рак през живота на лицето, но не е възможно да се предвиди кои полипи ще се развият в рак. В Европа при 1 от 200 проследяващи колоноскопии са докладвани сериозни усложнения. Налице е по-голям риск от усложнения при операция, ако полипите или ракът не могат да бъдат отстранени с колоноскопия. В много редки случаи (при 1 от 10 000 изследвания) колоноскопията може да доведе до смърт, но броят на предотвратените чрез скрининг смъртни случаи поради рак на дебелото черво е много по-голям.