V dôsledku ďalších vyšetrení potrebných na objasnenie abnormálnych výsledkov skríningového testu a z liečby lézií zistených počas skríningu môžu vyplynúť isté ujmy alebo riziká, ako sú bolesť, krvácanie či infekcia. Približne 1 z 5 alebo 6 žien, ktoré podstúpili ďalšie vyšetrenia bez liečby, uviedli bolesť, pálenie alebo výtok v priebehu 6 týždňov. Liečba môže spôsobiť aj duševnú nepohodu a v zriedkavých prípadoch aj predčasný pôrod s nízkou pôrodnou hmotnosťou novorodenca. Nie všetky predrakovinové lézie zistené v rámci skríningu by sa síce zvrhli na rakovinu, ak by zostali neliečené, nemožno však predpovedať, ktoré lézie sa zahoja spontánne a ktoré by sa zmenili na rakovinu, a preto je vhodné liečiť všetky takéto lézie.

Môžete minimalizovať svoje riziko overdiagnózy (zbytočných diagnóz) a nadmernej liečby predrakovinových lézií len tým, že absolvujete testovanie v rámci organizovaného skríningového programu (t. j. keď dostanete pozvanie v rámci programu). Skríning rakoviny krčka maternice sa odporúča až od 25 rokov, ale ak zbadáte akékoľvek symptómy, ktoré vás znepokojujú, ako napríklad abnormálne vaginálne krvácanie v akomkoľvek veku, mali by ste sa poradiť so svojím lekárom.

Na účely skríningu rakoviny krčka maternice mimo organizovaného programu sa neodporúča používanie testu na ľudský papilomavírus (HPV), pretože infekcia často zmizne bez liečby, a to najmä u žien mladších ako 30 – 35 rokov. Preto sa používanie tohto testu u mladších žien neodporúča.