Der kan opstå skader eller andre risici i forbindelse med udførelsen af screeningen eller yderligere undersøgelser for at udrede unormale screeningsresultater og i forbindelse med behandlingen af læsioner, der opdages under screeningen.

De test, du skal foretage ved screening baseret på guajak-analyse eller immunokemisk analyse, er smertefrie og sikre. Guajak-analyse eller immunokemisk analyse kan dog påvise blod i din afføring, som ikke skyldes tarmkræft eller polypper. Hvis der findes blod i din afføring, vil du få tilbudt yderligere undersøgelse med koloskopi (se "Opfølgende koloskopi" nedenfor). Personer, der henvises til yderligere undersøgelse som følge af unormale screeningsresultater, føler ofte ængstelse, men ventetiden er sædvanligvis kort.

Mange patienter oplever en vis grad af ubehag eller smerte ved sigmoidoskopi, men mindre end ved koloskopi. Mindre komplikationer (kvalme, svimmelhed eller mavesmerte) forekommer hos højst en ud af hver 150 sigmoideoskopier, der foretages. Alvorlige komplikationer, herunder svær blødning eller hul gennem tarmens væg (perforation), forekommer hos omkring en ud af hver 3 000 sigmoideoskopier, der foretages. Heftig smerte umiddelbart undersøgelsen ses hos omkring en ud af 50 patienter.

Som ved screening baseret på guajak-analyse og immunokemisk analyse foretages der en opfølgende koloskopiundersøgelse, hvis screeningsresultatet er unormalt (se "Opfølgende koloskopi" nedenfor). Mange patienter oplever en vis grad af ubehag eller smerte ved koloskopi. Tarmudrensningen inden koloskopien opfattes af mange som den værste del af indgrebet. Ved screening baseret på koloskopi er der i mange tilfælde ikke behov for yderligere undersøgelse, hvis der opdages polypper eller små kræftsvulster, fordi denne undersøgelsen også dækker den øverste del af tarmen. I EU er der indberettet alvorlige komplikationer i omkring 1-5 ud af 1 000 undersøgelser. Komplikationer opstår oftere under koloskopi, hvor der konstateres og fjernes polypper. I ekstremt sjældne tilfælde kan koloskopi medføre dødsfald.  

Opfølgende koloskopi er en koloskopi, der udføres som opfølgning på at unormalt resultat af en guajak-analyse eller immunokemisk analyse eller for at undersøge den øverste del af tarmen hos personer med unormale sigmoideoskopiresultater. Risikoen for komplikationer ved opfølgende koloskopi end ved screening som følge af den større sandsynlighed for at finde polypper eller kræftsvulster, der skal fjernes. Mange af de polypper, der fjernes under screening, ville ikke have udviklet sig til kræft i en persons levetid, men det kan ikke forudsiges, hvilke polypper der vil udvikle sig til kræft. Der er rapporteret alvorlige komplikationer i Europa hos omkring en ud af 200 opfølgende koloskopier. Der er øget risiko for komplikationer fra kirurgi, hvis polyppen eller kræftsvulsten ikke kan fjernes ved koloskopi. I ekstremt sjældne tilfælde (i en ud 10 000 undersøgelse) kan koloskopi medføre dødsfald, men det antal dødsfald som følge af tarmkræft, der forebygges ved screening, er langt større.