Kanker in een vroeg stadium vaststellen verlaagt niet altijd het risico van de vrouw om aan borstkanker te overlijden. Hoewel een mammografie kwaadaardige tumoren kan opsporen die niet kunnen worden gevoeld, betekent de behandeling van een kleine tumor niet altijd dat de vrouw niet aan kanker zal sterven. Een snelgroeiende of agressieve kanker kan zich al naar andere delen van het lichaam hebben verspreid voordat hij wordt opgemerkt. Screening zal misschien niet helpen om het leven van vrouwen met dergelijke tumoren te verlengen, maar verlengt wel de periode waarin ze weten dat ze mogelijks een dodelijke ziekte hebben. Bovendien is het mogelijk dat screeningmammogrammen niet helpen om het leven te verlengen van vrouwen die aan andere ernstige aandoeningen lijden.

Röntgenstralen kunnen kanker veroorzaken. Voor mammogrammen zijn slechts kleine dosissen straling nodig, dus is het risico op schade door blootstelling aan straling laag. De voordelen van screening via mammografie in georganiseerde programma's wegen zwaarder dan het mogelijke nadeel van de blootstelling aan straling.

Fout-positieve resultaten komen voor wanneer radiologen op het mammogram een anomalie vaststellen hoewel er in werkelijkheid geen kankergezwel aanwezig is. Alle abnormale mammogrammen zouden moeten worden gevolgd door bijkomende tests (diagnosemammografie, echografie en/of biopsie) om te bepalen of er al dan niet sprake is van kanker. Fout-positieve mammogramresultaten kunnen angst en andere vormen van psychologisch leed teweegbrengen die gewoonlijk van korte duur zijn. De bijkomende tests die nodig zijn om kanker uit te sluiten, kunnen ook tijdrovend zijn en fysiek ongemak met zich meebrengen. De Europese kwaliteitsnormen zijn opgesteld om de wachttijden zo kort mogelijk te houden en de ermee verbonden angst te beperken.

Over een periode van twintig jaar zal één op vijf vrouwen die geregeld aan screening deelnemen, een fout-positief resultaat krijgen waarover zonder invasieve procedures duidelijkheid kan worden gegeven. Over dezelfde periode zal bij ongeveer één op tien vrouwen een invasieve procedure (met gebruik van een naald om kleine monsters borstweefsel te nemen) zonder operatie nodig zijn en zal ongeveer één op honderd vrouwen een operatie ondergaan om het resultaat van de mammografie te controleren.

Een ander risico is dat bij de screening een borstkankergezwel wordt gevonden dat noch u noch uw dokter zonder de screening zou hebben gevonden – dat wordt overdiagnose genoemd. Helaas is het niet mogelijk om uit te maken welke bij de screening ontdekte kankergezwellen gevallen van overdiagnose zijn. Gemiddeld vijf tot tien op honderd bij screening vastgestelde kankergezwellen vallen naar schatting in de categorie overdiagnose. Het risico is lager bij jonge vrouwen en hoger bij oudere vrouwen.