Seulontaan tai poikkeavan seulontatuloksen selvittämiseksi tehtäviin lisätutkimuksiin sekä seulonnan yhteydessä todettujen vaurioiden hoitoon voi liittyä haittoja tai riskejä.
FOB-testi (fecal occult blood test) ja FIT-testi (fecal immunochemical test) ovat kivuttomia ja turvallisia. FOB- tai FIT-testissä saatetaan tosin havaita verta ulosteessa, mutta se ei johdu suolistosyövästä tai polyypeista. Jos ulosteesta löytyy verta, potilaalle tarjotaan mahdollisuutta päästä kolonoskopian avulla tehtäviin jatkotutkimuksiin (katso jäljempänä kohta ”kolonoskopia jatkotutkimuksena”. Poikkeavan seulontatuloksen takia jatkotutkimuksiin lähetetyt saattavat joskus huolestua, mutta yleensä huoli menee pian ohi.
Monet potilaat kokevat sigmoidoskopian ainakin jossain määrin epämiellyttäväksi tai kivuliaaksi, mutta vähemmän kuin kolonoskopiassa. Alle yhdelle 150 potilaasta tulee sigmoidoskopian yhteydessä vähäisiä sivuvaikutuksia (pahoinvointi, heikotus tai huimaus tai vatsakipu). Suuria komplikaatioita, kuten merkittävää verenvuotoa tai suolistoseinämän repeämä, esiintyy noin yhdessä sigmoidoskopiatutkimuksessa 3 000:a kohti. Heti tutkimuksen jälkeen kovaa kipua kokee yksi potilas 50:stä.
Jos seulontamenetelmänä on guajakkipohjainen FOB-testi tai FIT-testi ja tulos on poikkeava, potilaalle on tehtävä lisätutkimuksia kolonoskopian avulla (katso jäljempänä kohta ”kolonoskopia jatkotutkimuksena”).
Monet potilaat kokevat kolonoskopian ainakin jossain määrin epämiellyttäväksi tai kivuliaaksi. Suoliston tyhjennys (eli kolonoskopian edellyttävä valmisteleva toimenpide) koetaan yleisesti menetelmän ikävimmäksi osaksi. Jos jo seulonnassa käytetään kolonoskopiaa, monessa tapauksessa ei tarvita jatkotutkimuksia, vaikka seulonnassa havaittaisiinkin pieniä syöpäkasvaimia tai polyyppeja, koska tutkimus kattaa myös suoliston alkupään. Tietojen mukaan Euroopan unionissa 1–5:ssä tutkimuksessa tuhatta kohti esiintyy vakavia komplikaatioita. Komplikaatioiden todennäköisyys on suurempi kolonoskopiassa, jossa voidaan todeta ja poistaa polyyppeja. Hyvin harvoissa tapauksessa kolonoskopiaan voi kuolla.
Kolonoskopia jatkotutkimuksena tarkoittaa kolonoskopiaa, joka tehdään, jos guajakkipohjainen FOB-testi tai FIT-testi on ollut poikkeava tai jos halutaan tutkia suoliston alkupää henkilöllä, jonka seulontatulos sigmoidoskopiassa on ollut poikkeava. Komplikaatioiden riski on tällöin jossain määrin suurempi kuin seulonnan yhteydessä tehdyssä kolonoskopiassa, koska polyyppeja tai syöpäkasvaimia löydetään ja poistetaan tällöin todennäköisemmin. Monet seulonnan aikana poistetuista polyypeista eivät olisi johtaneet syöpään henkilön elinaikana, mutta on mahdotonta ennustaa, mitkä niistä johtavat. Tietojen mukaan Euroopassa tulee vakavia komplikaatioita yhdessä jatkotutkimuksena tehdyssä kolonoskopiassa 200:sta. Komplikaatioiden riski on suurempi, jos polyyppia tai syöpää ei voida poistaa kolonoskopiassa ja potilas joutuu leikkaukseen. Hyvin harvoissa tapauksissa (yksi tutkimus 10 000:sta) kolonoskopia voi johtaa kuolemaan, mutta seulonnalla pelastetaan paljon enemmän ihmisiä suolistosyövän aiheuttamilta kuolemilta.