Poikkeavan seulontatuloksen selvittämiseksi tehtäviin lisätutkimuksiin sekä seulonnan yhteydessä todettujen vaurioiden hoitoon voi liittyä haittoja tai riskejä, kuten kipua, verenvuotoa ja infektioita. Noin yhdellä viidestä tai kuudesta jatkotutkimuksissa olleista naisista oli kipua, verenvuotoa tai muuta vuotoa tutkimuksen jälkeisten kuuden viikon aikana. Hoito voi aiheuttaa myös ahdistusta tai hyvin harvoissa tapauksissa vauvan ennenaikaisen syntymän ja alhaisen syntymäpainon. Kaikki syöpää edeltävät muutokset, joita seulonnan yhteydessä havaitaan, eivät suinkaan johda hoitamattomana syöpään. On kuitenkin mahdotonta ennakoida, mitkä muutokset saattaisivat parantua itsestään ja mitkä aiheuttaa syövän, joten on parempi hoitaa kaikki muutokset.

Ylidiagnosoinnin ja syöpää edeltävien muutosten ylihoitamisen riskiä voi alentaa vain osallistumalla organisoituun seulontaohjelmaan eli aina, kun saa kutsun seulontaan. Kohdunkaulan syöpää ei ole tarvetta seuloa alle 25-vuotiailta, mutta jos huomaa itsellään huolestuttavia oireita, kuten epätavallista verenvuotoa emättimestä, on syytä hakeutua lääkäriin iästä riippumatta.

Ihmisen papilloomavirusten (HPV) testaamista ei suositella kohdunkaulan syövän seulonnassa organisoidun seulontaohjelman ulkopuolella, koska infektio menee usein itsekseen ohi etenkin 30–35-vuotiailla naisilla. Näin ollen tämän testimenetelmän käyttöä nuoremmilla naisilla ei suositella.