Η ανίχνευση του καρκίνου σε πρώιμο στάδιο δεν μειώνει πάντοτε τον κίνδυνο θανάτου από καρκίνο του μαστού. Παρότι η μαστογραφία μπορεί να ανιχνεύσει κακοήθεις όγκους που δεν μπορούν να γίνουν αισθητοί με ψηλάφηση, η θεραπεία ενός μικρού όγκου δεν σημαίνει πάντοτε ότι η ασθενής δεν θα πεθάνει από τον καρκίνο. Ένας ταχέως αναπτυσσόμενος ή επιθετικός καρκίνος μπορεί να έχει ήδη εξαπλωθεί σε άλλα μέρη του σώματος προτού ανιχνευτεί. Σε περίπτωση τέτοιων όγκων, ο προσυμπτωματικός έλεγχος μπορεί να μη συμβάλει στην παράταση της ζωής, ωστόσο οι εν λόγω ασθενείς θα ζήσουν μεγαλύτερο χρονικό διάστημα γνωρίζοντας ότι ενδέχεται να πάσχουν από μια θανατηφόρο ασθένεια. Επιπλέον, η μαστογραφία μπορεί να μη συμβάλει στην παράταση της ζωής μιας γυναίκας που πάσχει από άλλα, σοβαρότερα προβλήματα υγείας.
Οι ακτινογραφίες μπορούν να προκαλέσουν καρκίνο. Οι μαστογραφίες απαιτούν μικρές δόσεις ακτινοβολίας, συνεπώς ο κίνδυνος βλάβης από την έκθεση στην ακτινοβολία είναι χαμηλός. Τα οφέλη της μαστογραφίας στο πλαίσιο οργανωμένων προγραμμάτων προσυμπτωματικού ελέγχου αντισταθμίζουν τα πιθανά μειονεκτήματα από την έκθεση στην ακτινοβολία.
Ψευδώς θετικά αποτελέσματα προκύπτουν όταν οι ακτινολόγοι εντοπίζουν μια μαστογραφική ανωμαλία, χωρίς όμως να υπάρχει στην πραγματικότητα καρκίνος. Για όλες τις μη φυσιολογικές μαστογραφίες θα πρέπει να διενεργούνται περαιτέρω εξετάσεις (διαγνωστική μαστογραφία, υπερηχογράφημα και/ή βιοψία), ώστε να εξακριβώνεται η ύπαρξη ή μη καρκίνου. Τα ψευδώς θετικά αποτελέσματα μαστογραφίας μπορεί να προκαλέσουν άγχος και άλλες μορφές ψυχολογικής δυσφορίας που συνήθως δεν έχουν μεγάλη διάρκεια. Οι πρόσθετες εξετάσεις που απαιτούνται για να αποκλειστεί η παρουσία καρκίνου μπορούν επίσης να είναι χρονοβόρες και να προκαλέσουν ταλαιπωρία. Τα ευρωπαϊκά πρότυπα ποιότητας έχουν σχεδιαστεί για την ελαχιστοποίηση των χρόνων αναμονής και τη μείωση του σχετιζόμενου άγχους.
Σε μια περίοδο 20 ετών, περίπου 1 στις 5 γυναίκες που υποβάλλονται τακτικά σε έλεγχο θα λάβει ψευδώς θετικό αποτέλεσμα, το οποίο μπορεί να διασαφηνιστεί χωρίς επεμβατικές διαδικασίες. Κατά την ίδια περίοδο, περίπου 1 στις 10 γυναίκες θα χρειαστεί να υποβληθεί σε επεμβατική διαδικασία (με τη χρήση βελόνας για τη λήψη μικρών δειγμάτων ιστού) χωρίς χειρουργική επέμβαση, ενώ έως και 1 στις 100 γυναίκες θα υποβληθεί σε χειρουργείο για τον έλεγχο του αποτελέσματος της μαστογραφίας.
Ένας άλλος κίνδυνος είναι ότι, κατά τον προσυμπτωματικό έλεγχο, είναι δυνατό να εντοπιστεί καρκίνος του μαστού τον οποίο δεν θα είχατε εντοπίσει ούτε εσείς ούτε ο γιατρός σας εάν δεν είχατε υποβληθεί ποτέ σε έλεγχο ˜– αυτό ονομάζεται υπερδιάγνωση. Δυστυχώς, δεν είναι δυνατόν ξεχωρίσουμε ποιες περιπτώσεις καρκίνου που ανιχνεύονται κατά τον έλεγχο αποτελούν περιπτώσεις υπερδιάγνωσης. Κατά μέσο όρο, εκτιμάται ότι 5-10 στους 100 καρκίνους που ανιχνεύονται κατά τον έλεγχο έχουν υπερδιαγνωστεί. Ο κίνδυνος είναι χαμηλότερος για τις νέες γυναίκες και υψηλότερος για τις μεγαλύτερες γυναίκες.